Das Fagott und die Oboe sind beides Holzblasinstrumente mit Doppelrohrblatt, aber sie haben einige signifikante Unterschiede, die sie voneinander unterscheiden. Einige der Unterschiede, die beim Betrachten der beiden Instrumente sofort auffallen, sind Größe, Form und Platzierung des Mundstücks. Fagott und Oboe haben auch unterschiedliche Klänge, wobei das Fagott in einer viel tieferen Lage als die Oboe spielt. Obwohl die Schülerversionen beider Instrumente oft aus strapazierfähigem Resin-Kunststoff bestehen, werden höherwertige Modelle für erfahrene Musiker aus unterschiedlichen Holzarten gefertigt. Auch die Tastensysteme sind zwischen den beiden Instrumenten sehr unterschiedlich, ebenso wie die Art und Weise, wie sie gehalten werden.
Wenn man sie nebeneinander betrachtet, fallen sofort einige Unterschiede zwischen Fagott und Oboe auf. Das allgemeine Erscheinungsbild jedes Instruments ist unverwechselbar. Das Fagott ist viel größer als die Oboe und besteht aus ungefähr 7 bis 8 Metern Rohr, das in eine ungleichmäßige U-Form gebogen ist. An der kürzeren, schmaleren Seite wird das Hakenmundstück etwa auf halber Länge des Instruments befestigt; das andere Ende ist viel breiter und reicht über das Mundstück hinaus. Die Oboe besteht aus einem einzigen, geraden Rohrstück, das sich unten leicht glockenförmig erweitert, und hat oben ein Mundstück und ein Rohrblatt.
Sowohl das Fagott als auch die Oboe erzeugen einen Klang, wenn der Musiker Luft in das Doppelrohrblatt bläst, wodurch Schwingungen im Inneren des Rohres entstehen. Jedes Instrument hat einen bestimmten Klang und Tonumfang. Das Fagott ist in der Lage, in einer sehr tiefen Lage zu spielen, mit dem niedrigsten Klang aus der Familie der Holzblasinstrumente, mit Ausnahme des größeren Kontrafagotts. Die Oboe kann höhere Töne spielen und ihr Klang wurde mit dem einer Ente verglichen, mit einem sehr klaren Ton, der leicht von den anderen Instrumenten des Orchesters zu unterscheiden ist. Beide Instrumente zeichnen sich durch ihre Ausdruckskraft aus.
Studentenversionen beider Instrumente werden normalerweise aus Resin-Kunststoff hergestellt, da er langlebig ist. Ein Instrument von höherer Qualität wird normalerweise von erfahreneren Musikern gewählt. Fagott und Oboe werden meist aus unterschiedlichen Holzarten gefertigt. Das Fagott wird oft aus Ahorn gefertigt, kann aber auch aus anderen Holzarten mit mittlerer Härte gebaut werden. Die Oboe besteht meistens aus einem Holz, das als African Blackwood oder Grenadill bekannt ist.
Jedes Instrument hat ein anderes Tastensystem. Die Tasten werden zusammen mit den Fingern verwendet, um die Löcher im Rohr des Instruments zu verdecken, um bestimmte Noten zu erzeugen. Das Fagott hat weniger Tasten, während die Oboe eine relativ große Anzahl mit etwa 45 komplexen Tastenwerken hat.
Auch Fagott und Oboe werden unterschiedlich gehalten. Aufgrund seiner Größe wird das Fagott seitlich vom Musiker gehalten, oft mit zusätzlicher Unterstützung wie einem Stuhl oder einem Nackengurt. Der Musiker kann die Oboe in der Regel vor dem Körper halten, da sie viel kleiner ist.