Ein Forschungsprogramm koordiniert mehrere Projekte, die ein gemeinsames Forschungsziel verfolgen. Solche Programme werden in der Regel von großen Organisationen wie Universitäten, Unternehmen, NGOs und Regierungen geleitet und finanziert. Je nach Bedarf und Interessen einer Organisation unterscheiden sich die Forschungsprogramme sowohl hinsichtlich ihrer Strukturen als auch ihrer Ziele stark.
Die Leiter der Forschungsprogramme koordinieren und überwachen in erster Linie alle beteiligten Projekte und sorgen dafür, dass sie im Einsatz bleiben. Gesponserte Projekte haben in der Regel auch ihre eigenen direkten Manager. Diese Person ist in der Regel für die Konzeption und Durchführung des jeweiligen Projekts verantwortlich.
In vielen Fällen kann die Beziehung zwischen einem Forschungsprogramm und einem Forschungsprojekt mit der zwischen einem Franchisegeber und einem Franchisenehmer verglichen werden. Der Franchisegeber stellt etablierte Richtlinien und ein Unterstützungssystem bereit, während der Franchisenehmer praktisch daran arbeitet, sein eigenes spezielles Geschäft zu entwickeln. Wie in einem Franchisesystem hängt der Gesamterfolg eines Forschungsprogramms von dem seiner kleineren Bestandteile ab. Projektleiter können miteinander interagieren, wenn der erfolgreiche Ablauf eines Projekts von einem anderen abhängt, oder sie können ihre Aktivitäten unabhängiger durchführen. In jedem Fall sind alle Projekte dem Überwachungsprogramm und seinen Zielen gegenüber rechenschaftspflichtig.
Verschiedene Arten von Organisationen verfolgen unterschiedliche Ziele bei der Entwicklung neuer Forschungsprogramme. Ein gewinnorientiertes Unternehmen kann ein Forschungsprogramm starten, um mehr über seinen Markt, seine Konkurrenz und Möglichkeiten zur Produkt- oder Dienstleistungsentwicklung zu erfahren. Diese Forschungsprogramme sind darauf ausgerichtet, Marktanforderungen zu entdecken, Wege zu finden, diese Anforderungen besser zu erfüllen und allgemein wettbewerbsfähiger zu werden. Häufig werden auch Unternehmensforschungsprogramme eingerichtet, um Ausgaben und Kosten zu untersuchen, neue Technologien und organisatorische Werkzeuge zu integrieren und um sich auf eine große Operation wie ein Ingenieurprojekt vorzubereiten. Ein Unternehmen kann auch Forschungsprogramme entwickeln, die auf die Unterstützung sozialer Ziele ausgerichtet sind – diese können sich darauf konzentrieren, der umliegenden Gemeinschaft oder den eigenen Mitarbeitern des Unternehmens zu helfen.
Sozial orientierte Forschungsprogramme werden auch häufig von NGOs und Regierungen initiiert. Sie können auf die wirtschaftliche oder politische Entwicklung, die Verbesserung von Dienstleistungen wie Bildung oder Gesundheitsversorgung, die Förderung des Unternehmertums der Bürger, den Schutz der Umwelt, die Integration von Neuankömmlingen in eine Gesellschaft oder eine Reihe von Zielen abzielen, die sich die Organisation selbst gesetzt hat. Regierungen finanzieren auch häufig Forschungsprogramme, die das Wachstum in bestimmten Branchen fördern. Eine Universität kann sich manchmal um ihrer selbst willen auf die Forschung konzentrieren, das heißt, um menschliches Wissen zu entwickeln. Eine organisationsübergreifende Förderung und Kooperation bei Forschungsprojekten kann auch dort erfolgen, wo sich die Interessen überschneiden.