Die Faktoren, die in die Partnerwahl einfließen, sind oft ein Rätsel, selbst für diejenigen, die die Wahl treffen. Viele zugrunde liegende Prozesse im Gehirn verbinden sich zu einem Gefühl der Anziehung. Die meisten von ihnen sind auf die Produktion lebensfähiger Nachkommen mit bestmöglichen Überlebenschancen ausgerichtet. Ein wichtiger Überlebensfaktor ist ein starkes Immunsystem, das aus unterschiedlichen Immunsystemen der Eltern entsteht, die zusammen ein umfassenderes Abwehrsystem bilden. Die Histokompatibilität ist das Maß dafür, wie ähnlich die Gene, die das Immunsystem steuern, bei Individuen sind.
Relevant für die Histokompatibilität sind die Gene, die in den Körper eindringende Fremdstoffe erkennen und eine Immunantwort zu ihrer Bekämpfung auslösen. Diese Gene bilden einen Haplotyp oder eine Gruppe von Genen, die auf einen Bereich eines Chromosoms konzentriert sind, den sogenannten Haupthistokompatibilitätskomplex oder MHC. Manchmal rekombinieren MHC-Gene, aber im Allgemeinen wird der Haplotyp intakt vom Elternteil an die Nachkommen weitergegeben. Beim Menschen wird der MHC auch als humane Leukozytenantigene oder HLA bezeichnet.
MHC-Gene sind kodominant, sodass die Nachkommen alle Gene exprimieren, die sie von beiden Seiten erben. Das heißt, wenn die Eltern unterschiedliche MHC-Gene haben, können die Nachkommen alle Fremdstoffe erkennen, die ihre Mutter und ihr Vater erkennen könnten. Um sicherzustellen, dass die Nachkommen die bestmögliche Abwehr gegen Krankheiten haben, sollte ein potenzieller Elternteil einen Partner mit einem anderen MHC suchen.
Die Aufgabe der Partnerauswahl auf der Grundlage der genetischen Ausstattung des MHC fällt den Weibchen zu, die bei der Partnerauswahl im Allgemeinen differenzierter sind. Sie nutzen ihren Geruchssinn, um Partner zu finden, die unterschiedliche MHCs haben. Studien haben ergeben, dass Frauen den Geruch von T-Shirts von Männern mit MHCs, die sich von ihren unterscheiden, attraktiver finden. Diese Auswahlmethode ist unbewusst; manchmal nehmen Frauen keinen Geruch wahr, fühlen sich aber dennoch angezogen, nachdem sie an einem Hemd geschnuppert haben.
Medizintechnik greift manchmal in diese Wahrnehmungen ein. Beispielsweise ändern Frauen, die Antibabypillen einnehmen, ihren Hormonspiegel. Ihr Körper ist hormonell schwanger, und in diesem Zustand wird der Drang, sich Partner zu suchen, gedämpft. Der Geruchssinn, der ihnen half, genetisch geeignete Partner zu finden, funktioniert nicht mehr.
Bei der Partnerwahl verschafft das Vorhandensein verschiedener MHC-Gene einem Anwärter einen Vorteil. In anderen Situationen ist ein hohes Maß an Histokompatibilität oder ähnlichen MHC-Genen von entscheidender Bedeutung. Beispielsweise ist eine hohe Histokompatibilität zwischen Spender und Wirt der Schlüssel zur Vermeidung von Organabstoßungen nach Transplantationen.