Die wissenschaftliche Klassifikation ist das System, das von Biologen verwendet wird, um alles Leben auf der Erde zu klassifizieren. Es ist auch als wissenschaftliche Klassifikation in der Biologie oder Linnean-Klassifikation bekannt, nach Carolus Linnaeus (1707-1778), der dieses riesige Projekt zum ersten Mal versuchte. Das Pionierwerk war Systema Naturae, das erstmals 1735 veröffentlicht wurde und zu Lebzeiten von Linné zwölf Auflagen durchlief. Die erste Version hatte einige tausend Einträge, die auf der Grundlage gemeinsamer physischer Merkmale in Taxa gruppiert waren. Heute werden über zwei Millionen Arten von der Wissenschaft anerkannt, obwohl die Gesamtzahl der Pflanzen-, Tier- und einzelligen Arten auf der Erde auf 10 bis 100 Millionen geschätzt wird.
Das in der Biologie verwendete System der wissenschaftlichen Klassifikation ist hierarchisch mit acht Kategorisierungsebenen. Vom Kleinsten zum Größten sind sie: Art, Gattung, Familie, Ordnung, Klasse, Stamm, Königreich und Domäne. Zwischen diesen Ebenen werden oft noch weitere Unterteilungen hinzugefügt, da das Leben selbst keine besondere Verpflichtung hat, sich selbstverständlich in nur acht Hierarchieebenen einzuordnen. Um jeweils ein Beispiel zu geben, betrachte die Position des Menschen in der wissenschaftlichen Klassifikation. Menschen sind Arten Homo sapiens, Gattung Homo, Familie Hominidae (die Menschenaffen), Ordnung Primaten, Klasse Mammalia (Säugetiere), Stamm Chordata (Wirbeltiere und einige nahe Verwandte), Königreich Animalia (Tiere), Domäne Eukarya (Eukaryoten, Organismen mit komplexe Zellen).
Die höchsten Ebenen der wissenschaftlichen Klassifikation haben sich im Laufe der Jahre mehrmals geändert. Im Jahr 1735 führte Linné zwei Königreiche ein: Vegetabilia (Pflanzen und Pilze) und Animalia. 1866 führte der deutsche Biologe Ernst Haeckel ein weiteres Königreich, Protista, für alle einzelligen Organismen ein. Im Jahr 1937 teilte der französische Biologe Edouard Chatton das Leben in zwei „Imperien“ – Prokaryota und Eukaryota, basierend auf detaillierteren Beobachtungen von Zellen in Pflanzen, Tieren und Bakterien. Es stellte sich heraus, dass Pflanzen und Tiere grundlegende Ähnlichkeiten in der Komplexität ihrer Zellen und dem Vorhandensein von Zellkernen aufwiesen, während Bakterien sowohl Kerne als auch Organellen (intrazelluläre Strukturen) fehlen.
In den 50er, 60er und 70er Jahren, einer Zeit schneller Fortschritte in der Biologie, folgten mehrere weitere größere Aktualisierungen. Herbert Copeland aktualisierte das System 1956 auf vier Königreiche, als er Prokaryota in Monera umbenannte und Eukaryota in drei Königreiche aufteilte: Protista, Plantae und Animalia. Eine weitere Änderung kam 1969, als Robert Whittaker Protista in Fungi und Protista aufspaltete und Pilzen zum ersten Mal eine eigene Top-Level-Klassifizierung verlieh.
1977 führten Carl Woese und seine Mitarbeiter das bisher am dichtesten überfüllte Top-Level-System mit sechs Königreichen ein: Eubakterien, Archaebakterien, Protista, Fungi, Plantae und Animalia. Dann, im Jahr 1990, wurde das System von Woese gnädigerweise vereinfacht und auf drei Bereiche reduziert: Bakterien, Archaea und Eukarya. Letzteres ist das derzeit verwendete Top-Level-Klassifizierungssystem.