Die Quantifizierung von Ribonukleinsäure (RNA) ist ein Mittel zur Bestimmung der durchschnittlichen Konzentration von RNA in einer Lösung. Diese Bestimmung kann unter Verwendung einer Vielzahl von Verfahren durchgeführt werden, die normalerweise in eine von zwei Kategorien fallen: Spektrophotometrie oder Fluoreszenzfarbstoffquantifizierung. Die Spektrophotometrie beruht auf der Fähigkeit der RNA, bestimmte Wellenlängen von ultraviolettem Licht zu absorbieren. Einige Fluoreszenzfarbstoffe, wie Ethidiumbromid, können an Nukleinsäuren wie RNA binden und fluoreszieren, wenn sie binden, wodurch die Leuchtkraft gemessen werden kann.
Wenn RNA ultraviolettem Licht ausgesetzt wird, absorbiert es dieses Licht selektiv bei den Wellenlängen von 260 Nanometer (nm) und 280 nm. Diese Methode wird in einem Spektrophotometer durchgeführt, das Wellenlängen von ultraviolettem Licht erzeugt und das Licht misst, das durch die RNA geht. Höhere RNA-Konzentrationen absorbieren mehr Licht.
Bei der Quantifizierung von RNA wird häufig eine Kombination dieser beiden Wellenlängen verwendet, da Forscher mit dieser Methode feststellen können, ob eine Probe durch andere Makromoleküle, beispielsweise Proteine, verunreinigt ist. Diese Verunreinigungen absorbieren oft selektiv Licht von 280 nm, jedoch kein Licht von 260 nm. Als Ergebnis kann die Berechnung des Verhältnisses von absorbiertem Licht bei beiden Wellenlängen den Grad der Kontamination bestimmen.
Die RNA-Quantifizierung unter Verwendung von Fluoreszenzfarbstoffen liefert Ergebnisse, die weniger anfällig für einige Verunreinigungen sind, und kann mit geringen RNA-Gehalten verwendet werden, die eine Spektrophotometrie unmöglich machen würden. Farbstoffe wie Ethidiumbromid binden an RNA und die resultierende Leuchtkraft kann direkt mit Fluoreszenzphotometern gemessen werden. Steht kein Photometer zur Verfügung, können Lösungen mit bekannter RNA-Konzentration hergestellt und die Leuchtkraft der unbekannten Probe grob damit verglichen werden. Die Beziehung zwischen Leuchtkraft und RNA-Konzentration ist linear, sodass Forscher schnell eine Konzentrationsmessung aus der Leuchtkraft bestimmen können.
Die RNA-Quantifizierung mit beiden Methoden kann sehr anfällig für verschiedene Verunreinigungen sein. Proteine, Phenol und große Partikel können die Ergebnisse der Spektrophotometrie ungenau machen. Diese Verunreinigungen haben keinen Einfluss auf die Quantifizierung der Fluoreszenzfarbstoff-RNA, aber dieses Verfahren kann durch das Vorhandensein von Desoxyribonukleinsäure (DNA) in einer Probe ungenau werden.
Farbstoffe, die Nukleinsäuren binden, binden sowohl DNA als auch RNA und zeigen ähnliche Leuchtkraft, daher ist es wichtig, eine saubere RNA-Probe sicherzustellen. Der übliche Weg, dies zu erreichen, besteht darin, einer gemischten Probe ein Enzym zuzusetzen, das DNA zerstört, wie z. B. DNAse, bevor ein Farbstoff hinzugefügt wird. Abhängig von der RNA-Konzentration in einer Probe und den vorhandenen Verunreinigungen können Labore eine dieser Methoden zur Quantifizierung der RNA verwenden.