Die gängigsten Science-Fiction-Themen sind die von alternativen Realitäten, möglichen zukünftigen Welten und von Charakteren, die über die Fähigkeiten gewöhnlicher Menschen hinausgehen. Der Kontakt mit außerirdischen Wesen ist auch in diesem Literaturgenre üblich, und viele Science-Fiction-Bücher untersuchen Ideen, wie sich das Leben dramatisch verändern würde, wenn Menschen Außerirdische treffen und mit ihnen interagieren. Andere Science-Fiction-Themen haben zugrunde liegende Ideen, wie eine zukünftige Welt möglicherweise anders aussehen könnte, wenn die Menschheit ihren aktuellen Weg in der Gegenwart fortsetzt, und diese Art von Erzählung hat je nach Sicht des Autors entweder eine Dystopie oder eine Utopie . Technologie spielt in Science-Fiction-Geschichten oft eine wichtige Rolle als Werkzeug zum Guten oder Bösen.
Die Handlung eines Science-Fiction-Romans lässt Leser oft hinterfragen, was jenseits der Grenzen des Alltags möglich sein könnte. Geschichten über alternative Realitäten beschreiben manchmal Phänomene wie Risse im Gefüge des linearen Raum-Zeit-Kontinuums. Diese Art von Science-Fiction-Themen beschäftigt sich häufig mit der Natur der Zeit selbst. Alternative Realitäten können auch die Frage aufwerfen, inwieweit Charaktere die Kontrolle darüber haben, was in ihrer Zukunft passiert. Science-Fiction-Prosa, die mit diesen Themen geschrieben wurde, hat oft eine begrenzte Grundlage für wissenschaftliche Studien zu Phänomenen wie Schwarzen Löchern, Wurmlöchern und Dunkler Materie.
Science-Fiction-Themen rund um den Kontakt mit Außerirdischen gehören häufig zu den beliebtesten Geschichten. Viele dieser Erzählungen beschreiben Welten, in denen Menschen neben außerirdischen Rassen leben, die über gleiche oder oft überlegene Intelligenz verfügen. Einige der optimistischsten Themen untersuchen, wie Menschen ihre gemeinsamen Unzulänglichkeiten durch die erleuchteten Lehren einer solchen außerirdischen Rasse überwinden könnten. Andere Geschichten beschreiben die menschliche Rasse, die bestehende Vorurteile aufgibt und sich im Kampf gegen eine außerirdische Bedrohung vereint.
Weitere Science-Fiction-Themen beschäftigen sich mit den Grenzen des menschlichen Geistes. Charaktere in diesen Geschichten haben häufig Fähigkeiten wie Telepathie oder Psychokinese, und ob sie diese Talente zum Guten oder Bösen einsetzen, erforscht mehr Elemente der menschlichen Natur. Wenn diese Fähigkeiten aus wissenschaftlichen Experimenten mit fortschrittlicher Technologie resultieren, ist das zugrunde liegende Thema der Geschichte eine warnende, dass Menschen nicht in ihre eigenen angeborenen Fähigkeiten eingreifen sollten.
Eine Science-Fiction-Geschichte, die in einer zukünftigen Welt spielt, wirft oft Ideen auf, wohin bestimmte kollektive Entscheidungen und Handlungen die Menschheit letztendlich führen werden. Eine Erzählung über eine grimmige Dystopie dient oft als Warnung vor der Gegenwart. Eine Science-Fiction-Geschichte über eine Utopie bietet oft eine viel optimistischere Sicht auf die Menschheit.