Gärtnern stehen eine Reihe natürlicher Pestizide zur Insektenbekämpfung zur Verfügung, aber relativ wenige natürliche Herbizide zur Ausrottung von Unkraut oder anderen invasiven Pflanzen. Welche existieren, kann mehr schaden als nützen, wenn sie unter den falschen Bedingungen angewendet werden. Es gibt jedoch Pflanzen, die als natürliche Herbizide wirken, wie zum Beispiel Schwarznuss, Sonnenblumen, Beifuß und Flockenblume. Diese Pflanzen scheiden Chemikalien aus, die andere Pflanzenarten, die in der Nähe wachsen, abtöten können. Der Vorgang, bei dem bestimmte Pflanzen auf diese Weise wirken, wird Allelopathie genannt.
Forscher interessieren sich sehr für die allelopathischen Eigenschaften von Pflanzen, da die Chemikalien, die für natürliche Herbizide verantwortlich sind, oft isoliert und für den kommerziellen Gebrauch veredelt werden können. Wissenschaftler konnten beispielsweise eine herbizide Chemikalie namens Catechin aus den Wurzeln der gefleckten Flockenblume extrahieren, einem invasiven Unkraut, das im Westen der USA vorkommt. Diese Chemikalie kann in größerem Maßstab synthetisiert und auf eine Reihe anderer invasiver Pflanzen angewendet werden. Viele dieser Herbizide sind selektiv, was bedeutet, dass ihre Chemikalien nur bestimmte Pflanzen töten, nicht alles, was sie berühren.
Eine weitere beliebte Art von natürlichen Herbiziden ist der Schwarznussbaum. Die aus den Blättern von Bäumen gewonnenen Öle werden häufig in kommerziell hergestellten Herbiziden verwendet. Extrakte von Chemikalien, die in Sonnenblumen vorkommen, können auch von biologisch arbeitenden Gärtnern verwendet werden.
Andere natürliche Herbizide werden hauptsächlich verwendet, um das Wachstum von Unkraut in kommerziellen Rasenflächen wie Golfplätzen und angelegten Rasenflächen zu bekämpfen. Diese Herbizide gelten als Vorauflauf, was bedeutet, dass sie andere Pflanzen in der Keimungsphase zerstören, bevor die Pflanze Wurzeln schlagen kann. Eine davon ist Maisglutenmehl, das ursprünglich als Nährboden für die Pilzzucht entwickelt wurde. Forscher fanden heraus, dass es auch die Keimung anderer Pflanzen, insbesondere von Unkräutern und Gräsern, hemmt. Daher wird es normalerweise während der Keimungsphase auf den Rasen aufgetragen, Wochen bevor der erste Grashalm oder Unkrautstiel erscheint.
Die Forschung, um mehr natürliche Herbizide zu entdecken, ist im Gange. Einige Agrarexperten haben allelopathische Phänomene bei gängigen Kulturpflanzen wie Winterroggen und Weizenstroh beobachtet. Roggenpflanzen beeinflussen beispielsweise das Wachstum bestimmter Gemüsesorten. Einige Forscher glauben, dass eine Roggen-Deckfrucht oder zumindest eine roggenhaltige Deckschicht dazu beitragen könnte, Unkräuter zwischen Sojabohnenkulturen abzutöten. Getreidebasierte Herbizide könnten modifiziert werden, um invasive Pflanzen abzutöten, während die wichtigen Nutzpflanzen geschont werden.
Natürliche Herbizide mögen attraktiver klingen als ihre chemischen Gegenstücke, aber sie sind immer noch giftige Substanzen, die Menschen und Nutztiere beeinträchtigen können. Ihre Anwendung erfordert möglicherweise die gleichen Sicherheitsvorkehrungen wie die Anwendung von kommerziellen Herbiziden, daher sollten Personen, die sie verwenden, den Begriff „organisch“ nie mit „ungiftig“ verwechseln.