Die Wahl des besten Pumpernickelbrots ist weitgehend eine Frage des persönlichen Geschmacks. Es gibt einige verschiedene Brotsorten, die gekauft oder hergestellt werden können, daher basiert die Auswahl manchmal auf der Sorte mit den bekanntesten Geschmacksrichtungen. Eine weitere Überlegung ist, wie das Brot verwendet wird, denn es kann im Geschmack von süß und leicht bis dicht und mild-würzig reichen. Auch die Textur des Brotes kann je nach gekaufter Sorte sehr unterschiedlich sein, wobei die authentische deutsche Sorte eine sehr krümelige, trockene Textur hat, im Gegensatz zu einem bäckerfreundlicheren Brot mit einem eher schwammartigen Gefühl. Die zusätzlichen würzigen Zutaten in einem Pumpernickelbrot können auch bei der Entscheidung helfen, welches am besten schmeckt, denn einige enthalten Kümmel oder Fenchel, während andere Kaffee oder geröstete Semmelbrösel enthalten.
Eine unterschiedliche Version von Pumpernickelbrot ist als deutsches Pumpernickel bekannt und ist möglicherweise eine der frühesten bekannten Brotsorten. Es wird aus Roggenmehl gebildet, das zusammen mit Melasse ganze oder geknackte Roggenbeeren in der Mischung enthält. Das verwendete Treibmittel ist ein Sauerteigstarter, der dem Brot einen fermentierteren Geschmack verleiht. Der Teig wird in eine quadratische Backform gelegt und in einigen Fällen fast einen ganzen Tag im Ofen gebacken, wodurch er eine dichte, feste Krume und eine leichte Trockenheit erhält. Dieses Brot wird am besten gewählt, wenn eine Basis für feuchte Zutaten wie Aufstriche oder gepökelte Meeresfrüchte wie Räucherlachs benötigt wird.
Eine andere Version von Pumpernickelbrot kann ähnlich einem Standard-Roggenbrot hergestellt werden, indem Roggenmehl mit Weizen- oder Allzweckmehl gemischt wird, damit im Teig längere, widerstandsfähigere Glutenstränge vorhanden sind. Die tiefbraune Farbe des Brotes wird nicht durch langes Backen erreicht, sondern durch die Verwendung dunkler färbender Zutaten wie Kakaopulver, Melasse, Kaffee oder Schokolade. Diese Laibe werden zu runden Laiben anstelle der quadratischen Laibe nach deutscher Art geformt und ähnlich wie normales Brot gebacken. Diese Art von Pumpernickel eignet sich am besten für Sandwiches oder Toast, da sie mehr Feuchtigkeit und eine weichere Textur enthält als die deutsche Sorte.
In beiden Fällen sollte sich Pumpernickelbrot schwerer anfühlen als andere Brotsorten, dh es enthält mehr Roggen als Weizenmehl. Die Zugabe von Kümmel- oder Fenchelsamen ist traditionell, aber für diejenigen, die den Geschmack der Samen unangenehm finden, gibt es einfache Brote. Andere Zutaten können Trockenfrüchte und Nüsse sein, die die Süße des Brotes betonen. Einige Arten von kommerziell hergestelltem Pumpernickelbrot enthalten tatsächlich eine große Menge an künstlichen Farbstoffen und Süßungsmitteln, was ihnen einen Geschmack verleiht, der sich deutlich von Broten mit konventionelleren Zutaten unterscheidet.