El cuidado de un bonsái de ciprés puede depender de la especie particular de árbol que se elija, ya que hay más de 100 cepas diferentes de ciprés disponibles para entrenar como bonsái. Las versiones populares de bonsai de ciprés incluyen Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, el japonés Hinoki – Chamaecyparis obtuse y el japonés Sawara – Chamaecyparis pisifera. Otro tipo común de bonsai de ciprés que se recomienda para principiantes, aunque no es una verdadera especie de ciprés, es el ciprés calvo o de pantano: Taxodium distichum. Por lo tanto, el cuidado de los cipreses puede variar, ya que algunos prefieren condiciones climáticas secas como el Hinoki japonés, y algunos son nativos de regiones pantanosas y prefieren un ambiente constantemente húmedo como el ciprés calvo. Sin embargo, como regla general, los cipreses son fáciles de cultivar como bonsai, por lo que se han convertido en una opción muy popular a partir de 2011 y son árboles que prefieren la luz solar completa y la fertilización regular.
La mayoría de los tipos de cipreses son relativamente resistentes, por lo que son buenos ejemplares de bonsái, ya que adaptar un árbol a un estilo de vida de bonsái puede ser un proceso estresante para el árbol. En términos de frecuencia de riego, el ciprés Hinoki es la especie que requiere las condiciones más secas. El suelo del Hinoki debe estar húmedo la mayor parte del tiempo, pero es una especie tolerante a la sequía que puede sobrevivir en condiciones más frías y secas que otros bonsáis de ciprés. A lo largo de este espectro, el ciprés de Sawara requiere más agua, ya que es nativo de áreas húmedas, y el ciprés calvo requiere una condición casi constante de suelo húmedo, ya que es nativo de los pantanos. Los cipreses sawara y calvo también pueden morir si se exponen a condiciones frías y deben pasar el invierno en invernaderos.
El bonsái en general puede ser más propenso a sufrir ataques de plagas y enfermedades más frecuentes que sus contrapartes en la naturaleza debido a las condiciones de confinamiento en las que se cultivan. Si bien el árbol Hinoki es bastante resistente a plagas y enfermedades, los cipreses Sawara y Calvo a menudo son atacados por pulgones de la raíz y tienen ramas delicadas que deben podarse pellizcando con los dedos en lugar de cortar para evitar daños indebidos a los árboles. El ciprés de Lawson, que es una de las variedades más populares de bonsai de ciprés que se cultiva, también requiere un suelo constantemente húmedo como el Sawara, pero no las condiciones anegadas que el ciprés calvo tiende a disfrutar. Una de las condiciones de crecimiento que es común a todos los bonsáis de ciprés populares es que todos prefieren la luz solar total, lo que a menudo significa que los contenedores de bonsái se mantienen mejor al aire libre.
El ciprés calvo recibe su nombre del hecho de que es un árbol de coníferas caducifolio único que pierde sus hojas en forma de aguja en el invierno. El follaje primero se volverá naranja y luego marrón, lo que, en otros bonsáis de ciprés, indicaría que el árbol se está muriendo. En el ciprés calvo, este es un evento natural de otoño. También se puede determinar el nivel de agua adecuado para el ciprés calvo observando los efectos de caída en el follaje nuevo, lo que indica que necesita más agua.
También se recomienda que la plantación de bonsai de ciprés se repita cada dos o tres años para todas las especies, aunque algunas crecen más rápido que otras. El Hinoki tiende a crecer más lentamente, por lo que se puede trasplantar con menos frecuencia que variedades como el Sawara. El ciprés calvo crece más rápido y se puede trasplantar de forma segura todos los años. Debido a que la corteza del bonsái de ciprés puede ser delicada, también se debe tener cuidado con el cableado de los árboles para que crezcan en formas particulares. A medida que el cable se aprieta, debe quitarse y reemplazarse con bobinados más sueltos o ninguno en absoluto.