Tanto el software espía como los virus están dañando software o archivos informáticos conocidos como malware, pero se propagan de manera diferente. Una diferencia importante entre el software espía informático y un virus es que el software espía se infiltra en las actividades de la computadora y, a menudo, envía información sobre el usuario a un tercero, mientras que un virus no. Otra diferencia fundamental es que, a diferencia del software espía, un virus a menudo hace copias de sí mismo e intenta usar una computadora para propagar el virus a otras. Aunque ambos pueden afectar negativamente el funcionamiento de una computadora, el software espía rara vez busca dañar el sistema, mientras que los virus a menudo causan daños mucho más duraderos.
El software espía y los virus se cargan generalmente en una computadora sin que el usuario se dé cuenta y se ejecutan sin el conocimiento o consentimiento del usuario. El modo típico de entrega de software espía es en un paquete con otros archivos o programas que el usuario de la computadora elige descargar. El software espía se infiltra en el sistema del usuario junto con el material deseado. Sin embargo, los virus se propagan con mayor frecuencia como archivos adjuntos al correo electrónico o mediante mensajes instantáneos, aunque también pueden estar ocultos en el material descargado.
Aunque ambos pueden dañar una computadora, otra diferencia entre el software espía y un virus se encuentra en el propósito principal del malware. El software espía está diseñado con el propósito de registrar las actividades del usuario de una computadora y transmitir esa información a un tercero. Puede rastrear los hábitos de uso de la computadora de una persona y transmitir la información a los anunciantes y otras personas. Otro uso, más peligroso, puede robar información privada como direcciones de correo electrónico, contraseñas, números de tarjetas de crédito y otros datos personales importantes y transmitirlos a un pirata informático o ladrón de identidad.
El propósito principal de un virus es copiarse y propagarse. A menudo se replicará a sí mismo varias veces, consumiendo así los recursos de la computadora y haciendo que el sistema falle. Otra táctica de virus común es acceder a la libreta de direcciones de correo electrónico de un usuario de computadora y enviar copias de sí mismo a todas las direcciones. También puede intentar utilizar otros métodos de transmisión en los que una computadora se comunica con otra, como en los servicios de intercambio de archivos y mensajería instantánea. El software espía no hace copias de sí mismo ni se transmite a otras computadoras que utilizan el sistema infectado.
Otra diferencia entre el software espía y un virus tiene que ver con la intención del autor. El autor del software espía normalmente desea recopilar información que se utilizará para diversos fines. El software espía necesita un sistema operativo para lograr esto, por lo que rara vez daña la computadora, aunque usa los recursos de la computadora y puede hacer que funcione más lento. Los virus a menudo se escriben con intenciones más destructivas y, a menudo, inutilizan los sistemas informáticos y las redes. Una vez que se han propagado, los virus suelen causar daños duraderos en el sistema operativo y el hardware.