Hay algunas diferencias entre un microscopio compuesto y un microscopio de disección. Aunque cada una de estas herramientas se utiliza para ampliar un sujeto que se coloca en la platina del microscopio, la cantidad de aumento que se puede lograr varía considerablemente entre estos dos dispositivos. También están construidos de diferentes formas, principalmente en lo que respecta a las lentes objetivo y los oculares.
Una de las principales diferencias entre un microscopio compuesto y un microscopio de disección es el aumento que se puede lograr con cada una de estas herramientas. Los microscopios compuestos generalmente pueden aumentar un objeto 400 veces, aunque no es raro encontrar un microscopio compuesto que pueda aumentar un objeto 1,000 veces. Los microscopios de disección, por otro lado, generalmente solo aumentan un objeto 40 veces o menos.
Las razones de estas diferencias en el poder de aumento también distinguen entre sí a un microscopio compuesto y de disección. Los microscopios compuestos se utilizan generalmente para ver cosas muy pequeñas y relativamente delgadas, como células. Los microscopios de disección se utilizan para observar objetos más grandes que tienen un mayor grado de profundidad, como los granos de polen. Como su nombre lo indica, los microscopios de disección también se utilizan comúnmente para diseccionar formas de vida pequeñas, como insectos.
Los microscopios compuestos y de disección también utilizan lentes diferentes. Los microscopios de disección a menudo tienen solo una lente de objetivo que puede permitir que un objeto se amplíe dentro de un rango establecido de aumentos, como de 10 a 30 o de 20 a 40 veces. Hay tres lentes de objetivo en un microscopio compuesto: uno que permite ver el objeto con aproximadamente el mismo aumento que el del microscopio de disección, uno que aumenta a máxima potencia, a menudo 400 veces, y uno intermedio. Los objetivos en un microscopio compuesto también están mucho más cerca del escenario que en un microscopio de disección. El espacio adicional entre el escenario y el objetivo en un microscopio de disección le da al espectador espacio para manipular al sujeto mientras lo examina.
Otra diferencia entre un microscopio compuesto y un microscopio de disección es que un microscopio de disección siempre se hace con dos piezas oculares para que el espectador pueda mirar al sujeto con ambos ojos. Esto permite ver el tema en tres dimensiones. Los microscopios compuestos, por otro lado, a menudo se fabrican con un solo ocular. Aunque hay microscopios compuestos con dos oculares, solo permiten al espectador ver una pequeña porción del sujeto, incluso si es tridimensional, por lo que un solo ocular suele ser suficiente.