La garganta o la faringe alberga una amplia variedad de bacterias en un momento dado. Se han realizado varios estudios para identificar la flora normal de la garganta, las bacterias que están presentes en la mayoría de las personas sanas. Algunas de las bacterias que viven en la garganta pueden causar enfermedades si el huésped se estresa, mientras que otras tienen un papel neutral o incluso beneficioso en la salud del huésped. Para obtener más información sobre las bacterias específicas de su garganta, las personas pueden tener un cultivo bacteriano, en el que se toma un hisopo de la garganta y se cultiva para ver qué crece.
En cualquier momento, las bacterias de los géneros Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus y Proteus se pueden encontrar en la garganta de muchas personas. Las bacterias de las clases espiroquetas y actinomicetos también son comunes, al igual que los organismos Haemophilus influenze y Pesudomonas aeruginosa. El equilibrio normal de bacterias contribuye al funcionamiento del sistema digestivo y también actúa para repeler las bacterias malas que podrían invadir la garganta.
Los lectores pueden reconocer los nombres de algunos de los miembros de la flora normal de la garganta. Streptococcus es un género bacteriano asociado con la faringitis estreptocócica, una infección de garganta causada por la colonización con la bacteria Streptococcus grupo A. Neisseria, otro habitante de la garganta, puede causar meningitis en forma de infección por Neisseria meningitidis, y Corynebacterium diphtheriae es responsable de la difteria. Tener estos organismos en la garganta no significa necesariamente que uno se enfermará, a menos que el huésped experimente estrés o mala salud que proporcionen una apertura para las bacterias.
La mayoría de los dolores de garganta y las infecciones de garganta en realidad no son causados por bacterias, sino por virus u hongos, en el caso de la candidiasis, que es una infección causada por la colonización con la levadura Candida albicans. Cuando el equilibrio de las bacterias se sale de control y un tipo comienza a crecer demasiado rápido, las personas pueden experimentar dolor de garganta y una variedad de otros síntomas. Se puede realizar un cultivo de garganta para ver qué organismo es responsable y se pueden recetar antibióticos para restablecer el equilibrio normal.
Los estudios sobre el uso de antibióticos a largo plazo han demostrado que las personas pueden alterar las bacterias de la boca y la garganta si toman antibióticos durante un período prolongado. Esto, a su vez, puede hacer que las personas sean susceptibles a cosas como las infecciones por hongos, porque se elimina la competencia bacteriana por los recursos. Ésta es una de las razones por las que los profesionales médicos tratan de tener cuidado al recetar antibióticos y de asegurarse de que los pacientes usen los antibióticos según lo prescrito para evitar problemas de salud a largo plazo.