Las enzimas de restricción son enzimas que reconocen secuencias de ADN particulares y las escinden, separando una hebra de ADN en dos dondequiera que encuentren las secuencias para las que han sido codificadas para reconocer. Hay una serie de aplicaciones para las enzimas de restricción, quizás la más notable en la tecnología de ADN recombinante que permite a los científicos manipular información genética. El ADN recombinante se utiliza para todo, desde el desarrollo de productos terapéuticos como la insulina para tratamientos médicos hasta la modificación de cultivos.
Estas enzimas se aíslan de bacterias. En las bacterias, protegen al organismo del ADN extraño cortando el ADN cuando es reconocido por el cuerpo de la bacteria. Las bacterias utilizan una técnica llamada modificación de restricción para protegerse de sus enzimas de restricción, asegurando que las enzimas no activen el ADN de la propia bacteria. Como mecanismo de autodefensa, las enzimas de restricción son excelentes, ya que evitan la replicación del ADN extraño en el cuerpo al fragmentarlo.
Se han descubierto numerosas enzimas de restricción, y constantemente se descubren más en un proceso conocido como mapeo de enzimas de restricción. Varios laboratorios producen enzimas de restricción para venderlas a investigadores y otros laboratorios. Cada enzima de restricción ha sido codificada para responder a una secuencia particular de nucleótidos, y la secuencia suele ser un palíndromo, leyendo lo mismo hacia atrás y hacia adelante. Cuando una enzima de restricción encuentra la secuencia que reconoce, corta ambas hebras de la estructura de doble hélice del ADN, separándola. También creará varios fragmentos si identifica más de una copia de la secuencia que conoce.
Algunas enzimas de restricción cortan directamente a través de la doble hélice, creando lo que se conoce como extremos romos. Otros cortan en diferentes puntos en otros lados, haciendo un corte irregular denominado «extremos pegajosos». En cualquier caso, se puede usar una enzima conocida como ADN ligasa para unir un trozo de ADN al ADN cortado, siempre que las dos porciones tengan extremos complementarios. Esta técnica se puede utilizar para insertar ADN nuevo en un genoma y manipular un genoma, algo así como encajar las piezas de dos rompecabezas diferentes.
En algunos casos, una enzima de restricción se codifica para lo que se conoce como reconocimiento inequívoco, lo que significa que reconoce solo secuencias muy específicas. Otros están codificados para un reconocimiento ambiguo, buscando secuencias en las que nucleótidos específicos abarquen cualquier nucleótido. Usando enzimas de restricción conocidas, los investigadores pueden cortar selectivamente una muestra de ADN en fragmentos conocidos como fragmentos de restricción.