Como muchos otros medicamentos, los antibióticos han tenido un impacto beneficioso comprobado, ayudando a evitar infecciones bacterianas que alguna vez fueron difíciles de tratar. Sin embargo, ha habido una creciente preocupación de que el uso excesivo de tratamientos con antibióticos ha creado cepas de bacterias peligrosas resistentes a los antibióticos. Otra fuente importante de controversia ha sido el uso de antibióticos por parte de la industria alimentaria para fortalecer el ganado y aumentar la producción, lo que ha generado preocupaciones sobre los efectos adversos sobre la salud humana y animal. Como todos los tratamientos medicinales, los antibióticos pueden tener efectos secundarios negativos, que pueden resultar de una reacción alérgica, de un mal uso o de la muerte accidental de bacterias buenas junto con las malas. A medida que la humanidad aprende más sobre sus beneficios e inconvenientes, la sociedad y la comunidad médica están aprendiendo a adaptar el uso de los tratamientos con antibióticos para garantizar que tengan el impacto más saludable.
El descubrimiento de antibióticos en el siglo XX fue un momento decisivo para la sociedad y la comunidad médica, a la par con el descubrimiento de las vacunas. Mientras que las vacunas derrotaron enfermedades virales mortales que las personas eran bastante impotentes para resistir, como la poliomielitis, la gripe y la tendinitis, los antibióticos proporcionaron una forma de matar las bacterias malas que causaron infecciones anteriormente debilitantes y potencialmente mortales, como la tuberculosis, la meningitis y la neumonía. Las tasas de mortalidad debidas a infecciones bacterianas se redujeron significativamente y la población se volvió más saludable. Sin embargo, a medida que los médicos empezaron a recetar cantidades récord de antibióticos para tratar enfermedades, se hizo evidente que su uso excesivo puede tener inconvenientes.
A medida que los antibióticos se hicieron más populares, los pacientes empezaron a verlos como una parte normal de la vida y los médicos los recetaron en cantidades récord. Esto condujo a un problema imprevisto: ciertas bacterias comenzaron a evolucionar y desarrollaron inmunidades al tratamiento con antibióticos. La capacidad de las bacterias para mutar en respuesta al tratamiento se ha denominado resistencia a los antibióticos. Las enfermedades que alguna vez parecieron aniquiladas definitivamente por los antibióticos resurgieron. No era que los antibióticos fueran repentinamente ineficaces, sino que se había perdido parte de su potencia. Esto no solo fue el resultado del uso excesivo y la prescripción excesiva, sino también del uso indebido. La sociedad, hasta cierto punto, había llegado a ver los antibióticos como un vendaje para todo, incluso para las enfermedades virales que no podían tratar. Como resultado, la sociedad médica actual fomenta el uso de antibióticos solo cuando sea absolutamente necesario, con la esperanza de que los tratamientos sigan siendo eficaces.
El uso de antibióticos por parte de la industria alimentaria también ha sido motivo de preocupación. La sociedad agraria comenzó a usar antibióticos en animales por la misma razón que la gente los usa: para tratar enfermedades bacterianas. Sin embargo, con el tiempo, se hizo evidente que los antibióticos podían provocar un aumento de peso en los animales. En el caso de las vacas, por ejemplo, el peso extra supuso importantes beneficios para algunos ganaderos y agricultores. La investigación ha indicado que el uso excesivo de antibióticos en animales ha dado lugar a superbacterias, o bacterias resistentes a los antibióticos, que los humanos podrían ingerir al comer carne. Siendo ese el caso, una enfermedad relacionada con los alimentos en una persona podría no ser tratable con antibióticos. También existe preocupación por los efectos negativos para la salud de los animales. Voces médicas respetadas como la Organización Mundial de la Salud (OMS) han instado a la sociedad a considerar los riesgos de los antibióticos en los animales y reducir su uso.