On pense que les choanoflagellés (qui signifie «organisme à collier avec une queue») sont similaires à l’organisme unicellulaire à partir duquel tous les animaux ont évolué, et à l’unicellulaire vivant le plus proche des animaux. Les choanoflagellés sont un type de protozoaire, c’est-à-dire un eucaryote unicellulaire (organisme à cellules complexes), contrairement à d’autres organismes unicellulaires tels que les bactéries et les archées. Comme beaucoup d’autres microbes, les choanoflagellés forment des colonies, qui peuvent avoir été les précurseurs des premiers organismes multicellulaires.
La plupart des choanoflagellés sont sessiles, ce qui signifie qu’ils restent au même endroit, attachés au fond de l’océan avec une tige. Le flagelle fouette rapidement, entraînant l’eau vers le haut. Ce flagelle est entouré de microvillosités qui constituent le collier qui donne son nom au microbe. Lorsque le flagelle se propulse vers le haut pour créer un courant d’aspiration, des morceaux de nourriture se collent aux microvillosités. Cette stratégie est appelée alimentation par filtration et est également utilisée par les baleines à fanons, le krill, les éponges et d’autres organismes marins. Le corps cellulaire du choanoflagellé est également recouvert d’un bouclier appelé thèque.
Comme beaucoup d’autres micro-organismes, les choanoflagellés sont omniprésents dans les milieux aquatiques. Ils ont même été trouvés à 100 m (328 pi) sous les calottes glaciaires de l’Antarctique.
Le génome du choanoflagellé a été séquencé et une analyse ultérieure a montré qu’ils sont étroitement liés aux animaux. Dans leur comportement, les choanoflagellés sont parmi les protozoaires les plus complexes. Ils construisent même de petites maisons en silice appelées lorica (ce qui signifie armure corporelle). Pour une preuve supplémentaire de la relation étroite entre les choanoflagellés et les animaux, nous voyons qu’il existe des cellules spécialisées dans les éponges appelées choanocytes («cellules à collier») qui ressemblent beaucoup aux choanoflagellés. Les choanocytes peuvent également être trouvés dans les nématodes.
Les choanoflagellés sont une variété de nanoplancton, faisant référence à la plus petite forme (unicellulaire) d’organismes de la mer. En tant que tels, ils sont consommés par une variété d’organismes plus grands, y compris le krill et bien d’autres. Lorsqu’un choanoflagellé meurt, il se détache rapidement du fond de l’océan et flotte jusqu’à ce qu’il soit consommé.