La différence entre les protozoaires et les métazoaires est que les protozoaires sont des organismes unicellulaires tandis que les métazoaires sont multicellulaires. La définition des métazoaires est relativement claire pour la plupart des exemples, tout comme les protozoaires, bien que les deux aient des bords flous. Le terme protozoaires (qui signifie premiers animaux) fait référence à tout organisme unicellulaire de type animal, tandis que les organismes unicellulaires de type végétal sont appelés algues. Mais il y a des organismes qui brouillent les deux : par exemple, l’algue Dinobryon a des chloroplastes, mais elle peut aussi se déplacer et se nourrir de matière organique. De nombreux organismes apparemment unicellulaires s’organisent également en colonies filiformes ou sphériques, telles que les cyanobactéries ou le chromophyte Volvox.
Le terme protozoaire couvre essentiellement tout organisme unicellulaire qui n’est pas un animal, une plante, une bactérie ou un champignon. Par définition, chaque membre du royaume Animalia est multicellulaire, et un autre nom pour le royaume est en fait Metazoa. Les organismes unicellulaires photosynthétiques stationnaires ne sont pas des protozoaires en partie parce que le suffixe -zoa signifie animal, et ceux-ci ne ressemblent manifestement pas du tout à des animaux. Les protozoaires sont toujours mobiles, car aucun protozoaire ne peut survivre par filtration stationnaire, contrairement aux nombreux animaux tels que les éponges, les coraux, les balanes, les patelles et les brachiopodes.
Les protozoaires varient en taille de 10 à 50 microns (millionièmes de mètre), mais quelques espèces mesurent jusqu’à 1 mm. Les métazoaires vont d’environ 50 microns, comme chez les plus petits copépodes, à la baleine bleue (34 m ou 111 pi), à la méduse à crinière de lion (36.5 m ou 120 pi) et au ver lacet (55 m ou 180 pi). Le dinosaure éteint Amphicoelias fragillimus peut avoir été de 60 m (197 pi) ou plus. Ainsi, comme nous le voyons, les plus gros métazoaires peuvent être jusqu’à un million de fois plus gros qu’un protozoaire typique, bien que la plupart des métazoaires soient de petite taille, moins d’un mm de long. Les métazoaires macroscopiques tels que les humains sont en minorité.
On pense que les métazoaires ont évolué à partir des protozoaires il y a environ 600 millions d’années, bien que les preuves de la systématique moléculaire suggèrent encore plus tôt. Comme les premiers animaux métazoaires devaient être très petits et constitués uniquement de tissus mous, ils ne se seraient pas très bien fossilisés, bien que l’un des premiers fossiles métazoaires connus, un petit animal sphérique appelé Vernanimalcula guizhouena, était une créature douce à peine 0.1 à 0.2 mm de taille, à peine assez grand pour voir, et environ la largeur d’un cheveu humain.