Un score LOD est une représentation de la probabilité d’un lien entre deux traits génétiques. Si le score est élevé, cela signifie que les traits sont étroitement liés, et donc généralement hérités ensemble. Des scores faibles, en revanche, indiquent un lien faible. Comprendre ces chiffres est important pour les généticiens pour un certain nombre de raisons, allant du désir de comprendre des conditions génétiques particulières au désir de savoir où se trouve un gène, en utilisant des informations sur des gènes connus.
Pour comprendre l’importance du score LOD, il est utile de savoir que plus deux loci de gènes sont proches l’un de l’autre, plus il est probable qu’ils seront hérités ensemble. Si les gènes sont sur des chromosomes différents, par exemple, ils sont généralement hérités séparément, car de nombreux croisements peuvent se produire pendant la méiose. Les gènes qui sont sur le même chromosome mais éloignés les uns des autres sont également généralement hérités indépendamment. Cependant, lorsque les loci sont très proches sur le même chromosome, ils ont tendance à être hérités ensemble. Cette information est à la base du système de notation.
LOD signifie logarithme des cotes, reflétant le fait que le nombre est exprimé de manière logarithmique. En règle générale, si le score est de 3 ou plus, cela signifie qu’il existe une forte probabilité de liaison génétique. Des nombres inférieurs indiquent une probabilité moindre de liaison génétique, bien qu’ils puissent toujours être utiles dans le processus d’élimination.
Pour déterminer un score LOD, un échantillon de données est nécessaire, et dans ce type d’analyse statistique, plus l’échantillon est grand, mieux c’est. Les chercheurs travaillant avec des organismes tels que les mouches des fruits peuvent élever activement une population pour faire ressortir ou supprimer les traits souhaités dans le but d’étudier le lien entre des traits spécifiques, tandis qu’avec des populations telles que les humains, les chercheurs doivent se limiter aux données collectées par observation. Les grands échantillons ont tendance à fournir des informations plus significatives sur le plan statistique, car ils réduisent le risque de coups et de grappes qui faussent les données.
À l’aide des données d’une population d’intérêt, les chercheurs examinent la fréquence à laquelle certains traits apparaissent ensemble et la fréquence à laquelle ils émergent séparément. Cette information est utilisée pour arriver à la fréquence de recombinaison, en regardant à quelle fréquence les traits génétiques se recombinent. Pour être sur le même chromosome, la fréquence de recombinaison doit être inférieure à 50 %, et elle doit baisser encore plus pour indiquer que les loci sont proches les uns des autres. Les chercheurs analysent ces informations pour déterminer la probabilité qu’il y ait ou non un lien génétique. Le score LOD est déterminé en divisant la probabilité de couplage par la probabilité de non couplage. En règle générale, les scores sont calculés pour plusieurs loci.