Un super-organisme est tout agrégat d’organismes individuels qui se comporte comme un organisme unifié. Les membres d’un super-organisme ont des instincts de coopération sociale hautement spécialisés, des divisions du travail et sont incapables de survivre très longtemps loin de leur super-organisme. L’exemple standard d’un super-organisme est une colonie de fourmis, mais il en existe bien d’autres : termitières, ruches, nids de guêpes, récifs coralliens, colonies de champignons, bosquets d’arbres génétiquement identiques, etc.
Certains ont suggéré que les humains sont chacun un super-organisme, car dans chaque être humain typique il y a plus de 1013 à 1014 micro-organismes effectuant une variété de tâches, mais aidant principalement à la digestion. Les micro-organismes dans le corps humain sont plus nombreux que nos cellules 10 pour 1, et leur matériel génétique est 100 pour 1 le nôtre. Beaucoup d’entre eux n’ont pas été isolés ou étudiés. Le projet Microbiome humain, un projet de 115 millions de dollars US des National Institutes of Health, vise à identifier et caractériser autant de ces micro-organismes que possible, parmi lesquels des bactéries, des archées et des virus.
Dans le super-organisme emblématique, une colonie de fourmis, il y a des fourmis spécialisées pour faire face à diverses tâches. Des fourmis soldats pour défendre la colonie, des fourmis ouvrières pour ramasser de la nourriture, une reine des fourmis pour pondre des œufs, etc. Les termitières sont similaires. Les termites construisent en fait des monticules cathédrales élaborés, qui peuvent atteindre 9 m (30 pi) de hauteur dans des cas extraordinaires. Toutes ces colonies fonctionnent comme des entités unifiées. Les fourmis soldats peuvent volontairement se sacrifier pour défendre le nid, un comportement inhabituel chez les animaux, qui sont généralement façonnés par l’évolution pour se conserver eux-mêmes.
Les récifs coralliens sont parfois considérés comme des super-organismes en raison de la façon dont ils forment une masse continue d’animaux. Comme d’autres super-organismes, les organismes constitutifs d’un récif ont des structures génétiques très similaires, voire identiques. Bien que les animaux coralliens d’un récif ne coopèrent pas activement, leur présence en tant qu’habitat pour une grande diversité d’animaux apporte tellement de nourriture que ces animaux coopèrent, même à leur insu. Les récifs existent, à quelques lacunes près, depuis le début de l’ère cambrienne, il y a environ 542 millions d’années.
Certains penseurs ont appelé de manière quelque peu fantaisiste les réseaux d’information humains les signes émergents d’un super-organisme mondial, mais ce n’est pas très correct car les humains n’ont pas évolué pour coopérer en si grand nombre. Pendant la majeure partie de notre histoire, les humains ont coopéré en tribus hiérarchiques de 100 à 200 personnes, où chaque individu est très intéressé, le pool génétique est diversifié et la coopération est tout sauf parfaite. Les populations mondiales dépassant les 5 millions sont un phénomène relativement récent, et les humains n’ont pas eu le temps d’évoluer pour acquérir les caractéristiques de signature des membres constitutifs d’un superorganisme. De plus, il n’y a pas de pression de sélection active dans cette direction.