O início da epidemia de AIDS foi uma mudança sutil no material genético de um vírus que permitiu que o vírus se tornasse zoonótico, o que significa que poderia ser transferido dos animais para as pessoas. Durante um período de tempo que provavelmente durou décadas, o vírus foi repetidamente transmitido de primatas na África para as pessoas e, por fim, estabeleceu uma posição segura na população humana e começou a se espalhar para além das fronteiras do continente africano. Na época em que cientistas e profissionais médicos conseguiram conectar todos os pontos, a epidemia de AIDS havia se espalhado por grande parte do mundo; em 2007, mais de 33 milhões de pessoas em todo o mundo foram infectadas com HIV, o vírus que se transforma em AIDS.
Há alguma controvérsia sobre o início da epidemia de aids e, mesmo agora, os pesquisadores ainda estão montando as peças do quebra-cabeça. É claro que o vírus HIV se originou em primatas que viviam na África Ocidental e Central e que provavelmente foi transmitido a humanos em comunidades onde as pessoas comem carne de primatas. Alguns pesquisadores sugeriram que o surgimento de cidades na África também pode ter contribuído para a disseminação da AIDS, ao concentrar as populações humanas.
Da África, o vírus da AIDS pulou para o Haiti e então começou a se espalhar rapidamente em várias direções. Um comissário de bordo gay às vezes referido como Paciente Zero é frequentemente vilipendiado por causar a epidemia de AIDS, mas todas as evidências sugerem que o vírus se espalhou simultaneamente em várias comunidades; o vírus HIV, na verdade, tem vários agrupamentos ou clados diferentes, ilustrando o fato de que não foi causado por um único indivíduo.
Os clados também sugerem algo bem mais interessante, que é que o HIV e a AIDS são provavelmente muito mais velhos do que as pessoas pensam. O conhecimento comum em torno da epidemia de AIDS sugere que o vírus se originou na década de 1980, mas na verdade ele mais provavelmente começou a se espalhar na década de 1930, crescendo exponencialmente até que houvesse casos suficientes na década de 1980 para os profissionais médicos perceberem que havia uma epidemia. Pelo menos uma morte documentada por AIDS data da década de 1950, apoiando essa visão.
Ao aprender mais sobre a propagação da epidemia de AIDS, os pesquisadores esperam descobrir novas técnicas para tratar e talvez curar ou vacinar contra a doença. Por exemplo, diferentes clades respondem de maneiras únicas ao tratamento, ilustrando a diversidade dos vírus HIV e AIDS, e alguns clades são mais fatais do que outros; clades menos fatais são provavelmente mais velhos, já que suas vítimas teriam vivido o suficiente para a doença se espalhar ainda mais.