Talvez a melhor forma de higienizar um spa seja esvaziá-lo após cada uso, mas isso geralmente não é possível, nem é ecologicamente correto. Bactérias de banhistas podem se desenvolver na banheira, então será necessário usar um desinfetante de spa para matar bactérias potencialmente prejudiciais e manter o equipamento do spa funcionando corretamente. O cloro é talvez o desinfetante de spa mais comumente usado e, embora seja eficaz para matar bactérias, pode ser prejudicial à pele e aos olhos. Outras opções, como o bromo, também estão disponíveis, e o bromo não é tão cáustico na pele quanto o cloro.
O cloro como desinfetante de spa é bastante barato e é fácil de adicionar ao spa de forma rápida e eficaz. Ele mata a maioria das bactérias na banheira e pode até mesmo ajudar a limpar a água turva até certo ponto. Qualquer pessoa que se banhou em uma banheira de hidromassagem ou piscina, no entanto, reconhecerá o cheiro característico do cloro. O odor deste desinfetante de spa pode ser insuportável e desagradável, e o cloro pode secar a pele dos banhistas, causando coceira e até vermelhidão. O cloro também pode causar uma sensação de queimação nos olhos, portanto, muitos banhistas tentam evitar o cloro sempre que possível.
O bromo é uma boa alternativa ao cloro como desinfetante de spa. Também é bastante barato e fácil de adicionar à água do spa e, ao contrário do cloro, o bromo permanecerá ativo na água por um período de tempo muito mais longo. Embora o bromo possa ter um odor, geralmente não é tão forte quanto o do cloro. Talvez a maior desvantagem do bromo seja sua tendência de diminuir o nível de pH da água. Isso significa que o proprietário do spa ou a pessoa que faz a manutenção da unidade precisará passar mais tempo monitorando a água do spa e ajustando o nível de pH para mantê-la segura e confortável.
Os purificadores de minerais são opções relativamente novas de desinfetantes de spa e são menos cáusticos para a pele, sem mencionar que são excepcionalmente duradouros. Esses tipos de desinfetantes geralmente vêm em forma de bastão e são inseridos nos filtros do spa. Uma das maiores desvantagens desse tipo de desinfetante de spa é o custo: os purificadores de minerais provavelmente são muito mais caros do que o cloro e o bromo. Embora possam ser eficazes em matar bactérias, são mais prováveis de serem superados do que o cloro e o bromo, o que significa que a água pode não ser tão limpa de maneira confiável.