Existem tantas causas diferentes de intoxicações alimentares que a ciência médica ainda não identificou todas elas. A maioria dos casos de doenças transmitidas por alimentos é causada por bactérias ou vírus, entretanto. As bactérias prosperam em substâncias não vivas, enquanto os vírus requerem um hospedeiro vivo para existir. As causas de intoxicação alimentar viral e bacteriana têm muitos métodos diferentes de contaminação.
As bactérias podem permanecer na superfície das frutas e vegetais. Se o produto não for devidamente lavado ou processado, a bactéria pode ser ingerida e causar intoxicação alimentar. Frutas e vegetais enlatados podem ser uma das causas mais graves de intoxicação alimentar se o produto for processado de maneira inadequada. Clostridium botulinum é uma bactéria que produz uma toxina que pode causar doenças graves e morte. Latas ou tampas salientes são sinais de que o produto foi enlatado incorretamente; comer esses alimentos pode resultar em morte por envenenamento por botulismo.
A maioria das causas de intoxicação alimentar não produz efeitos tão graves. Sintomas semelhantes aos da gripe e problemas intestinais que desaparecem em um ou dois dias são mais comuns. Os sintomas de intoxicação alimentar às vezes podem ser confundidos com gripe. Cólicas estomacais, náuseas e vômitos são sinais comuns.
Os casos virais de intoxicação alimentar são comumente causados pela contaminação das fezes. Se os cozinheiros e aqueles que preparam os alimentos não lavarem as mãos adequadamente após usarem o banheiro, podem ocorrer contaminação e intoxicação alimentar. Esse tipo de intoxicação alimentar pode afetar instituições inteiras, como creches e escolas. Matéria fecal em moluscos é outra causa de intoxicação alimentar viral.
Alimentos que não são totalmente cozidos também podem causar doenças de origem alimentar. Todos os alimentos devem ser cozidos em sua temperatura adequada para evitar causar intoxicação alimentar. Deixar alimentos cozidos sem refrigeração por mais de duas horas é outra causa de intoxicação alimentar que pode ser facilmente evitada. A regra básica em segurança alimentar é que os alimentos quentes devem permanecer quentes e os frios devem permanecer frios.
O preparo adequado da carne crua para cozinhar é especialmente importante para evitar intoxicações alimentares. Carnes cruas podem conter bactérias que causam intoxicação alimentar. Se a carne não cozida for cortada em uma tábua antes que outros alimentos, como vegetais também sejam preparados ali, a bactéria pode contaminar facilmente os vegetais. Tábuas de corte e facas separadas devem ser usadas para os diferentes itens alimentares, a fim de evitar a contaminação bacteriana.
As temperaturas de cozimento adequadas podem matar bactérias e vírus que poderiam causar intoxicação alimentar. Por exemplo, a carne de porco pode conter o verme redondo viral Trichinella spiralis, que causa a doença de origem alimentar triquinose. Se a carne de porco for bem cozida, as chances de contrair triquinose são muito raras.