As melhores maneiras de armazenar as caixas geralmente dependem do tipo de caixas que estão sendo armazenadas, do local em que estão sendo armazenadas e se são preenchidas durante o armazenamento. Normalmente, as caixas de papelão são armazenadas melhor achatando-as e, em seguida, empilhando-as ou armazenando-as nas laterais. Ao armazenar as caixas em uma área externa ou em um local que possa ser vulnerável aos elementos, como a chuva, elas devem ser armazenadas de forma a protegê-las de danos. Para armazenar caixas cheias, geralmente é melhor empilhá-las umas sobre as outras de forma a evitar danos ao conteúdo.
Existem diferentes métodos que podem ser usados para armazenar as caixas, geralmente dependendo dos materiais com os quais as caixas são feitas. Caixas de papelão, por exemplo, podem ser achatadas abrindo-as, o que pode exigir o corte da fita. Isso torna o armazenamento muito mais fácil e permite que as caixas ocupem menos espaço durante o armazenamento. As caixas de plástico, por outro lado, muitas vezes podem simplesmente ser empilhadas juntas. Alguns sistemas de armazenamento são projetados com caixas de tamanhos diferentes, caso em que alguém pode armazenar as caixas umas dentro das outras para ocupar menos espaço.
Para armazenar caixas ao ar livre, como em um galpão ou garagem independente, geralmente é melhor considerar as fontes potenciais de danos. Normalmente, as caixas de papelão devem ser armazenadas fora do chão; usar algumas tábuas de madeira para fazer uma plataforma elevada pode evitar que as caixas sejam danificadas pela água. Isso é especialmente importante quando alguém deseja armazenar caixas ao ar livre que ainda contenham itens.
A melhor maneira de armazenar as caixas que ainda estão sendo usadas é empilhá-las umas sobre as outras. Isso geralmente deve ser feito com as caixas maiores e mais pesadas na parte inferior, e caixas sucessivamente mais leves e menores em cima delas. Caixas mais pesadas em cima de caixas mais leves podem causar esmagamento e danos ao conteúdo da caixa mais leve, e caixas maiores em cima de caixas menores podem resultar na queda da pilha. As caixas de plástico são frequentemente projetadas com fundos que podem ser empilhados mais facilmente no topo das tampas dessas caixas, tornando essas caixas não apenas mais duráveis do que papelão, mas também mais fáceis de empilhar com segurança.