A garganta ou faringe hospeda uma grande variedade de bactérias a qualquer momento. Vários estudos foram realizados para identificar a flora normal da garganta, a bactéria que está presente na maioria das pessoas saudáveis. Algumas das bactérias que vivem na garganta são capazes de causar doenças se o hospedeiro ficar estressado, enquanto outras têm um papel neutro ou mesmo benéfico na saúde do hospedeiro. Para saber mais sobre suas bactérias específicas da garganta, as pessoas podem fazer uma cultura bacteriana, na qual um cotonete da garganta é colhido e cultivado para ver o que cresce.
A qualquer momento, bactérias dos gêneros Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus e Proteus podem ser encontradas na garganta de muitas pessoas. Bactérias nas classes Spirochaetes e Actinomicetes também são comuns, assim como os organismos Haemophilus influenze e Pesudomonas aeruginosa. O equilíbrio normal das bactérias contribui para o funcionamento do sistema digestivo e também atua para repelir bactérias nocivas que podem invadir a garganta.
Os leitores podem reconhecer os nomes de alguns da flora normal da garganta. Streptococcus é um gênero bacteriano associado à infecção de garganta por estreptococos, uma infecção da garganta causada pela colonização por bactérias do grupo A de Streptococcus. Neisseria, outro habitante da garganta, pode causar meningite na forma de infecção por Neisseria meningitidis, e Corynebacterium diphtheriae é responsável pela difteria. Ter esses organismos na garganta não significa necessariamente que a pessoa ficará doente, a menos que o hospedeiro passe por estresse ou problemas de saúde que forneçam uma abertura para as bactérias.
A maioria das dores de garganta e das infecções na garganta não são causadas por bactérias, mas sim por vírus ou fungos, no caso do sapinho, que é uma infecção causada pela colonização pela levedura Candida albicans. Quando o equilíbrio das bactérias fica fora de controle e um tipo começa a crescer muito rapidamente, as pessoas podem sentir dor de garganta e uma variedade de outros sintomas. Uma cultura de garganta pode ser realizada para ver qual organismo é responsável, e antibióticos podem ser prescritos para restaurar o equilíbrio normal.
Estudos sobre o uso de antibióticos a longo prazo mostraram que as pessoas podem perturbar as bactérias da boca e da garganta se tomarem antibióticos por um longo período de tempo. Isso, por sua vez, pode tornar as pessoas suscetíveis a coisas como infecções por fungos, porque a competição bacteriana por recursos é eliminada. Esta é uma das razões pelas quais os profissionais médicos tentam ser cuidadosos ao prescrever antibióticos e garantir que os pacientes usem os antibióticos conforme prescritos para evitar problemas de saúde a longo prazo.