Embora existam vários antibióticos disponíveis para tratar infecções bacterianas, certos tipos são considerados os melhores para o tratamento de clamídia. Os dois antibióticos de primeira escolha para clamídia prescritos pela maioria dos médicos são azitromicina e doxiciclina. Eritromicina, ofloxacina e levofloxacina são medicamentos que também podem ser prescritos, e a amoxicilina às vezes é usada para tratar mulheres grávidas. Cada medicamento tem prós e contras em relação ao regime de dosagem, preço e efeitos colaterais.
A azitromicina é considerada um dos dois melhores antibióticos para o tratamento da clamídia. É muito fácil de tomar, requer apenas uma dose, e cura a doença em 95% dos casos. Pessoas com casos crônicos e recorrentes de clamídia se saem particularmente bem quando tratadas com este medicamento, e é considerado seguro para uso durante a gravidez. As desvantagens do medicamento são que ele tende a ser mais caro do que outros tratamentos e pode causar náuseas ou vômitos.
O segundo dos antibióticos mais preferidos para a clamídia é a doxiciclina. Esse medicamento tem sido usado no tratamento da clamídia há mais tempo do que qualquer outro e, como a azitromicina, tem 95% de sucesso quando tomado de maneira correta. A dosagem é muito menos desejável, entretanto, uma vez que deve ser tomada quatro vezes ao dia durante sete dias, tornando mais provável que os pacientes não sigam o regime corretamente ou até o fim. Também pode causar náuseas, vômitos e infecções fúngicas em mulheres e não deve ser tomado durante a gravidez ou amamentação. Uma vantagem que tem é que é mais barato do que a azitromicina.
Existem vários outros medicamentos que podem ser prescritos como antibióticos para a clamídia, que são conhecidos por serem eficazes no tratamento da doença. Ofloxacina e levofloxacina, duas drogas semelhantes, têm taxas de cura comparáveis à azitromicina e doxiciclina, mas custam mais e requerem regimes de dosagem de sete dias, além de causar risco de lesão no tendão durante o uso. Portanto, eles têm pouca vantagem sobre essas outras drogas. A eritromicina é outra opção; é mais barato do que outros tratamentos e as mulheres grávidas podem tomá-lo, mas é menos eficaz do que alguns dos outros medicamentos, deve ser tomado por sete dias e pode causar náuseas e vômitos graves. Às vezes, a amoxicilina também é recomendada para tratar mulheres grávidas com clamídia, embora sua taxa de cura não seja tão alta quanto a azitromicina e também deva ser tomada por sete dias para ser eficaz.