Uma estufa pode ser ventilada de muitas maneiras diferentes, mas alguns métodos são mais eficazes do que outros. Os melhores métodos de ventilação em estufa permitem que o ar seja suavemente refrescado sem perturbar a tenra vegetação no interior. Um dos métodos de ventilação mais simples é um respiradouro montado no telhado ou na parede que permite que a brisa natural flua através da estrutura. As aberturas de ventilação que abrem e fecham automaticamente também são um bom método de ventilação em estufa. Exaustores e ventiladores de circulação interna também podem ser uma maneira eficiente de ventilar uma estufa.
Um único respiradouro montado na parede ou telhado é um dos métodos de ventilação com efeito de estufa melhores e mais baratos. Este tipo de ventilação permite que o ar fresco flua através da estrutura de uma porta ou janela aberta. Este método de ventilação em estufa permite que o ar flua gradualmente pela sala e remova o calor e a umidade. Estufas maiores geralmente requerem uma série de aberturas colocadas estrategicamente ao longo do telhado ou das paredes. As aberturas de ventilação da parede podem ser abertas manualmente para fornecer fluxo de ar adicional quando não houver brisa soprando.
Os respiradouros automáticos abrem e fecham quando a temperatura dentro da estufa atinge um determinado nível. Este método de ventilação com efeito de estufa funciona sem eletricidade. Um cilindro conectado abre a ventilação automaticamente quando uma quantidade suficiente de calor se acumula ao seu redor. A ventilação fecha novamente quando o ar dentro da estufa esfria. Ventiladores automáticos operados eletricamente são controlados por um termostato ou umidostato predefinido para uma determinada temperatura ou nível de umidade.
Os exaustores também podem fornecer ventilação de estufa, puxando o ar externo através da estrutura quando uma brisa natural não está presente. Esses ventiladores são normalmente instalados em frente à porta para permitir que o ar flua completamente pela estrutura. Como o ar de um exaustor sopra para fora, ele não perturba as plantas delicadas. Geralmente, pequenas estufas podem ser ventiladas com apenas uma unidade de parede. Estruturas maiores podem exigir um ou mais ventiladores de exaustão grandes montados em cada extremidade com aberturas de ventilação nas paredes laterais.
Os exaustores podem ser controlados manual ou automaticamente por meio de um termostato ou umidistato. Ventiladores de exaustão movidos a energia solar também podem ser adquiridos para ajudar a reduzir o consumo de energia. Essas unidades têm um custo inicial mais alto, mas geralmente se pagam ao longo do tempo reduzindo os gastos com eletricidade. Algumas estufas utilizam um ventilador interno em combinação com um exaustor para circular ainda mais o ar e reduzir a temperatura e a umidade. Este método de ventilação em estufa também ajuda a promover a polinização entre certos tipos de plantas.