Uma ileostomia temporária é usada para desviar o conteúdo do intestino de uma seção do intestino que pode precisar ser curada após uma cirurgia para remover um câncer, por exemplo. Parte do intestino delgado, ou íleo, terá sido trazido à superfície e aberto para a pele através de um orifício conhecido como estoma, permitindo que os resíduos sejam coletados em um saco. Quando chegar a hora de o intestino se recompor, o procedimento irá variar de acordo com o tipo de ileostomia originalmente criada. Uma simples remoção de ileostomia em alça pode envolver cortar duas extremidades abertas do intestino da pele, costurá-las novamente e devolvê-las ao abdômen. A remoção da ileostomia final é mais complicada porque, após a separação de um pedaço do intestino do estoma, ele precisa ser unido a um pedaço do intestino que está dentro do abdômen, sendo necessária uma incisão abdominal ou cirurgia de buraco de fechadura.
Para os pacientes que fizeram uma ileostomia em alça, uma alça do intestino delgado será puxada para fora por um orifício no abdômen e cortada ao meio, deixando as duas pontas cortadas se abrindo através do estoma. O procedimento de remoção da ileostomia só pode ser realizado quando o intestino está totalmente curado e os músculos do esfíncter que controlam a passagem das fezes para fora do corpo estão funcionando adequadamente. Os pacientes podem praticar exercícios para tonificar os músculos do esfíncter anal nas semanas que antecedem a cirurgia. Para permitir que o inchaço e o tecido cicatricial se acomodem, a remoção da ileostomia geralmente não pode ser realizada até cerca de nove semanas após a cirurgia original.
É necessária menos de uma hora para realizar a remoção da ileostomia real, mas pode ser necessária uma permanência de até cinco dias no hospital. Normalmente, apenas líquidos são permitidos na véspera da cirurgia e nada depois da meia-noite. O cirurgião corta a pele e desce até o abdômen, fazendo uma incisão circular que circunda todo o estoma. Ambas as extremidades do intestino são então grampeadas ou costuradas juntas e colocadas de volta dentro da cavidade abdominal, com apenas um pequeno ferimento remanescente na pele do abdômen. Após o procedimento, é normal ter apenas líquidos no início e progredir lentamente para sólidos no dia seguinte à cirurgia.
Pacientes que passaram por uma ileostomia terminal geralmente precisam passar um número maior de dias no hospital, talvez até dez, e a recuperação geralmente leva mais tempo. A cirurgia de remoção da ileostomia pode envolver a reabertura da incisão abdominal da operação original para atingir uma extremidade do intestino. Isso pode então ser unido à outra extremidade do intestino, que foi separada do estoma. Ocasionalmente, uma ileostomia final pode ser revertida usando técnicas de cirurgia laparoscópica ou de buraco de fechadura.