Esistono due gruppi principali di animali bilaterali (simmetrici bilateralmente): protostomi e deuterostomi. Sono anche chiamati superphyla, perché ognuno contiene più phyla animali. I deuterostomi tendono ad essere più complessi e comprendono echinodermi, emicordati, cordati (tutti i vertebrati) e alcuni phyla più piccoli. I protostomi contengono praticamente tutto il resto, inclusi artropodi, anellidi, platelminti, molluschi, ecc. Alcuni piccoli phyla non sono classificati come neanche. La differenza principale tra i due gruppi è il modo in cui si sviluppano come embrioni: nei protostomi, la prima apertura nell’embrione diventa la bocca e nei deuterostomi diventa l’ano.
La maggior parte degli scienziati riconosce almeno tre superfila all’interno dei protostomi: Lophotrochozoa, Edcysozoa e Platyzoa. Questi superphyla sono stati proposti rispettivamente nel 1995, 1997 e 1998, sulla base di prove molecolari e morfologiche. I lofotrocozoi (“animali portatori di creste”) sono accomunati dalla presenza di un lofoforo, un anello di tentacoli ciliati intorno alla bocca, utilizzato per afferrare le particelle di cibo. I lofotrocozoi, a volte chiamati anche trocozoi, comprendono circa una dozzina di phyla: Entoprocta, Mollusca, Annelida, Phoronida, Brachiopoda, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoa, Myzostomida, Acoela e Gnathostomulida. La maggior parte dei lofotrocozoi sono marini, il che ha senso perché i tentacoli della bocca ciliati per afferrare il cibo sono più utili sott’acqua.
Oltre ai lofotrocozoi, un altro superphyla prevalentemente marino di protostomi sono i platizoi (“animali piatti”), che comprendono vermi piatti e una serie di importanti animali microscopici e planctonici come rotiferi e gastrotrichi. I platizoi si distinguono per l’assenza di un celoma (cavità corporea) o per un celoma diminuito chiamato pseudocele. In media, i platizoi sono i più semplici dei protostomi superphyla, sebbene si trovino anche organismi semplici tra i lofotrocozoi. I platizoi erano precedentemente considerati membri di Lophotrochozoa, ma la maggior parte degli scienziati ora dà loro il proprio gruppo.
Gli ultimi superphyla protostomi sono gli Ecdysozoa, caratterizzati dalla muta dei loro esoscheletri (ecdysis). Gli ecdisozoi sono i protostomi superphyla più diffusi e di maggior successo e comprendono artropodi (crostacei, insetti, chelicerati e miriapodi), nematodi (ascaridi), tardigradi, vermi di velluto e diversi phyla più piccoli. I nematodi sono uno degli animali più numerosi sulla Terra, presenti in ogni ambiente immaginabile, inclusa l’Antartide, mentre gli artropodi contengono la maggior parte delle specie, probabilmente oltre 7 milioni, che rappresentano oltre il 90% di tutta la biodiversità animale sulla Terra. Sebbene ci siano numerosi altri organismi che utilizzano una qualche forma di guscio o cuticola esterna, gli Ecdysozoa sono ovviamente i più efficaci dal punto di vista evolutivo.