Las plantas cultivadas orgánicamente son aquellas producidas sin el uso de productos artificiales; típicamente fertilizantes, pesticidas y herbicidas. En cambio, todo lo que se aplica a tales cultivos debe ocurrir de forma natural, lo que a menudo significa que se requiere más mano de obra para producir estos cultivos, pero el productor garantiza que no han sido tocados por productos químicos artificiales. La alfalfa orgánica es uno de esos cultivos, y se puede cultivar como alimento para el ganado que se utiliza para producir alimentos o se convierte en suplementos alimenticios para los humanos.
Al producir cultivos orgánicos, las malezas pueden convertirse en un problema grave si no se controlan adecuadamente. Un método para minimizar el crecimiento de malezas es mantener el campo plantado continuamente con alfalfa orgánica o un cultivo de cobertura, como el pasto de avena. Este método mantiene el área cubierta con una planta deseable que generalmente es gruesa y crece rápidamente, ahogando la mayoría de las malezas antes de que puedan comenzar. Poco antes de que sea hora de plantar la alfalfa, la hierba de avena se ara y se pudre para que también sirva como fertilizante, o lo que comúnmente se llama abono verde, y proporciona nutrientes para el nuevo cultivo.
La alfalfa orgánica también se fertiliza comúnmente con estiércol viejo de establos de caballos o ganado, o compost orgánico envejecido que puede incluir recortes de hierba podrida y desechos de cocina, así como otro material vegetal. Es importante que todo lo que se agregue al compost sea orgánico, ya que los contaminantes químicos en cualquier etapa del proceso pueden significar que la alfalfa resultante ya no es verdaderamente orgánica. La mayoría de los productores de cultivos orgánicos son meticulosos al respecto y hacen todo lo posible para evitar cualquier posibilidad de que materiales no orgánicos entren en contacto con sus cultivos.
Dado que los pesticidas químicos son definitivamente creados por el hombre, los cultivadores de alfalfa orgánica deben encontrar otras formas de lidiar con las plagas que atraen a los campos. Un método muy popular es el uso de controles naturales, específicamente insectos depredadores que se aprovechan de esos insectos que de otro modo podrían destruir el cultivo de alfalfa orgánica. Las mariquitas, ciertas avispas, insectos piratas y mantis religiosa se utilizan para controlar varias plagas sin la necesidad de recurrir a la aplicación de productos químicos que pueden ser peligrosos.
A pesar del mayor costo de la alfalfa orgánica, en parte porque es más costosa de producir, muchas personas sienten que vale la pena el costo adicional para evitar los problemas de salud que acompañan a tantos de los productos artificiales que son de uso común. Cuando la alfalfa se usa como alimento para animales, no hay posibilidad de que se acumulen pesticidas no saludables u otros químicos en la carne o la leche de los animales productores de alimentos. En algunos casos, la alfalfa orgánica se usa para hacer un suplemento nutricional para los humanos, y la mayoría de las personas que eligen usar tales suplementos parecen preferir que el producto no esté hecho de alfalfa que haya estado expuesta a químicos potencialmente dañinos.