Los honorarios de los agentes de viajes incluyen los que pagan tanto los consumidores como los propios agentes de viajes. Muchas agencias de viajes cobran tarifas a los clientes para compensar el costo de reservar productos de viaje que no pagan una comisión, así como por el tiempo y los gastos de realizar una investigación de viajes o comunicarse con los proveedores para organizar alojamientos especiales. Además de las tarifas al consumidor, los propios agentes de viajes pueden pagar tarifas en forma de comisiones divididas con las agencias anfitrionas, tarifas de membresía de la agencia anfitriona o tarifas de franquicia. Las agencias también pueden pagar tarifas de membresía y procesamiento de tarjetas de crédito a organizaciones de viajes profesionales.
En la mayoría de los casos, un agente de viajes obtendrá la mayor parte de sus ingresos a través de las comisiones pagadas por los proveedores de servicios de viajes, como hoteles y líneas de cruceros. Sin embargo, algunos proveedores de viajes no pagan comisión al agente de viajes si éste reserva el viaje en nombre de su cliente. Dado que esto representa una pérdida potencial para el agente, muchos cobran tarifas de agente de viajes a los consumidores por cada reserva no comisionada que debe realizar el agente de viajes. Por ejemplo, la mayoría de las aerolíneas comerciales ya no pagan comisiones a los agentes de viajes, por lo que muchas agencias de viajes ahora cobran una pequeña tarifa de cortesía por cada boleto de avión reservado.
Se espera que muchos consumidores paguen tarifas de agente de viajes cuando reservan arreglos de viaje muy complejos, particularmente si los arreglos requieren una investigación significativa por parte del agente de viajes. Algunos viajeros optan por visitar destinos exóticos o planificar viajes largos a varios lugares diferentes. Este tipo de viaje puede requerir los esfuerzos de un agente de viajes profesional para determinar los requisitos de visa, reservar alojamiento de calidad y organizar el transporte local. Dado que esto puede requerir varias horas de trabajo, algunos agentes de viajes solicitarán que los consumidores paguen tarifas de agente de viajes para cubrir el tiempo dedicado a la planificación del viaje. Además, también se puede esperar que los clientes cubran los gastos incurridos por el agente de viajes durante el proceso de investigación y reserva.
Los agentes de viajes y las agencias de viajes también pueden estar obligados a pagar varios tipos de tarifas. Los agentes de viajes independientes trabajan con frecuencia con una agencia anfitriona que brinda apoyo tecnológico, acceso a proveedores de viajes y cobertura de responsabilidad a agentes individuales. Los agentes pueden pagar una variedad de tarifas a su agencia anfitriona para cubrir el costo de los servicios que reciben. A estos agentes también se les puede solicitar que dividan sus comisiones con la agencia anfitriona. Las propias agencias pueden optar por participar en varios programas de certificación profesional o beneficiarse de los servicios de procesamiento de tarjetas de crédito que ofrecen las asociaciones de la industria. En ambos casos, la agencia pagará uno o más tipos de tarifas a la organización que brinda estos servicios.