Uma estufa deve ser capaz de transmitir luz, reter calor e resistir a intempéries. O tipo de painéis usados para construir uma estufa é crucial, e também se deve considerar a instalação, manutenção e orçamento para escolher os melhores painéis de estufa. Os painéis da estufa são feitos de vidro, fibra de vidro ou policarbonato. Cada um tem vantagens e desvantagens. Levando em consideração o orçamento e a manutenção, bem como a absorção de luz e calor, os painéis de policarbonato para efeito de estufa fazem o melhor trabalho de iluminação e aquecimento de uma estufa, ao mesmo tempo em que permanecem duráveis e fáceis de manter.
O vidro é um material popular para painéis de estufa porque é o melhor na transmissão de luz. Também é durável e muitas pessoas consideram os painéis de estufa de vidro os mais agradáveis esteticamente. A desvantagem do vidro, no entanto, é que pode ser muito caro para instalar e emoldurar porque é pesado e frágil. Embora permita a entrada de muita luz durante o dia, o material de estrutura de metal necessário para os painéis de vidro não isola bem, então o calor é perdido facilmente. Também é possível que uma estufa de vidro fique muito quente quando não ventilada adequadamente, o que pode ser fatal para as plantas.
Os painéis de fibra de vidro com efeito de estufa estão entre as opções menos caras e são relativamente fáceis de instalar e substituir. A fibra de vidro também é mais forte do que o vidro e pode suportar melhor o granizo. O problema da fibra de vidro é que, com o tempo, ela pode ficar amarelada e não deixar entrar tanta luz, sendo necessária a troca dos painéis ou a utilização de aquecedores auxiliares. A limpeza pode ser difícil, especialmente com painéis de fibra de vidro corrugados, e algumas pessoas consideram esses tipos de painéis pouco atraentes e acham difícil combiná-los com o paisagismo. Outro problema dos painéis de fibra de vidro para estufas é a alta inflamabilidade e a necessidade de roupas e máscaras de proteção, devido às fibras perigosas, durante o corte dos painéis.
Os painéis de policarbonato com efeito de estufa têm várias das mesmas vantagens da fibra de vidro, mas sem os problemas de inflamabilidade e fibra. Além disso, o policarbonato permite a entrada de mais luz do que a fibra de vidro e, embora nada permita a entrada de tanta luz quanto o vidro, o policarbonato difunde a luz, o que cria um ambiente ideal para o cultivo de plantas. As propriedades de retenção de calor e isolamento do policarbonato são excelentes e pode ser revestido com uma solução de barreira ultravioleta que ajudará a prevenir o desbotamento com o tempo. Embora não seja esteticamente agradável como o vidro, o policarbonato é muito mais econômico e mais fácil de manter, durando anos sem quebrar ou a necessidade de uma moldura pesada.