Um motor interno é aquele com apenas uma pequena parte do eixo de transmissão, junto com a hélice, submersa na água. Normalmente, em tais casos, a parte principal do motor interno do barco está localizada dentro do barco, geralmente perto do centro, especialmente em embarcações menores. Os motores de barco internos têm algumas vantagens e desvantagens quando se trata de navegar na água.
Na maioria dos casos, os motores internos são preferidos para esqui aquático e talvez cruzeiro geral. Eles normalmente levam menos tempo para alcançar um avião e não fazem com que a proa se eleve tanto quanto um motor de popa ao atingir esse avião. Isso também é ótimo para os velejadores que se preocupam com aqueles poucos segundos em que podem não ser capazes de ver diretamente o que está à sua frente. O motor interno torna isso possível porque não gasta tanta energia levantando a frente do barco.
Além disso, o motor interno é popular para esquiadores porque mantém mais contato do barco com a água. Isso pode facilitar o despertar e uma experiência de esqui mais tranquila. Ainda assim, alguns esquiadores podem preferir o desafio que vem junto com esteiras maiores e preferi-las para atividades como o salto de esteira.
No entanto, algo também é abandonado com um motor interno. O fato de estar tanto em contato com a água, pelo menos quando comparado aos motores de popa, significa que há substancialmente mais arrasto experimentado pelos barcos. Isso pode diminuir a velocidade do barco em comparação com motores de popa de potência semelhante. Portanto, o motor interno pode não ser a melhor escolha quando a velocidade é uma consideração importante.
Esta é apenas uma das razões pelas quais os pescadores de torneio, como os que procuram o robalo ou outras espécies de peixes esportivos, preferem os motores de popa. Além disso, o barco a motor interno tem capacidade limitada de inclinar o eixo de transmissão para cima para entrar em águas mais rasas, onde às vezes os peixes estão. Isso é comparado aos motores de popa que geralmente podem ser levantados completamente, ou quase completamente, para fora da água para acesso a tais áreas.
Alguns afirmam que os motores internos tendem a durar mais do que os motores externos. No entanto, isso pode ser explicado como uma preferência pessoal ou uma questão de sorte. Os motores de dois tempos tendem a se desgastar mais rapidamente do que os motores de quatro tempos e os motores internos são principalmente os de quatro tempos. No entanto, os motores de popa modernos são quase todos de quatro tempos também, fazendo com que essa distinção não seja mais válida, pelo menos para os modelos mais novos. Um motor interno também tende a custar um pouco mais do que um motor externo comparável, o que pode dar a impressão de que a qualidade é um pouco melhor.