Embora os sintomas de indigestão e arrotos possam ser leves, algumas das causas subjacentes podem ser muito graves. As causas mais comuns são doença do refluxo gastroesofágico (DRGE), gastrite e úlceras estomacais. A DRGE ocorre quando o alimento sobe pelo esôfago em vez de permanecer no estômago. A gastrite e as úlceras estomacais são semelhantes, pois ambas são distúrbios do estômago. A inflamação e a irritação do revestimento do estômago são chamadas de gastrite, enquanto as úlceras do estômago são feridas produzidas no revestimento.
Quem sofre de DRGE pode pensar que está experimentando refluxo ácido porque ambos descrevem o distúrbio do conteúdo estomacal sendo liberado para o esôfago. A comida não é a única coisa que sobe pelo esôfago, mas também a bile em alguns casos. Asma, obesidade e tabagismo são apenas alguns dos fatores de risco associados à DRGE. Os sintomas da DRGE, além de indigestão e arrotos, incluem vômito com sangue, dificuldade em engolir e dor no peito. O tratamento para a DRGE varia de medicamentos sem prescrição a cirurgia.
A gastrite ocorre quando o revestimento do estômago incha ou fica irritado. A inflamação resulta de crescimento excessivo de bactérias e infecção. Os indivíduos podem identificar uma possível gastrite por fezes pretas, sangramento no reto e vômitos, juntamente com indigestão e arrotos. Na maioria dos casos, a gastrite pode ser tratada com bastante facilidade, mas, em casos raros, pode levar ao câncer de estômago. A intervenção dietética, como evitar alimentos picantes e antiácidos, costuma ser usada para tratar gastrite.
As úlceras estomacais diferem da gastrite porque feridas dolorosas se desenvolvem no revestimento do estômago. Alguns medicamentos podem causar úlceras, como o ibuprofeno e a aspirina. Freqüentemente, a causa é a infecção bacteriana de uma cepa específica conhecida como Helicobacter pylori. Indivíduos com úlceras estomacais experimentam uma dor terrível, mas também indigestão e problemas com arrotos. Dependendo da intensidade da dor, as úlceras estomacais podem ser tratadas com antiácidos ou pode ser necessária assistência médica de emergência.
A indigestão e os arrotos costumam ser considerados óbvios quando deveria haver motivo para preocupação. Freqüentemente, há outros sintomas que podem acelerar o problema de uma condição leve para uma que deve ser motivo de séria preocupação. A dor intensa e crônica é um exemplo de sintoma que deve ser relatado a um profissional médico. Ele ou ela pode administrar os testes apropriados para diagnosticar qual dessas condições, se houver, é a causa subjacente. Os médicos e outros profissionais de saúde costumam sugerir tratamentos apropriados voltados para a causa específica, em vez da recomendação geral de tomar um antiácido.