La terminologie groupe souche/groupe couronne a été inventée pour classer la relation entre les organismes vivants et éteints par Willi Hennig, un taxonomiste allemand, le père de la cladistique, à la fin des années 1940. Cela faisait partie de sa théorie de la systématique phylogénétique qui a révolutionné la façon dont les biologistes et les paléontologues regardent la vie.
Les termes sont définis comme suit. Un groupe couronne comprend toutes les espèces vivantes du groupe, ainsi que tous les descendants éteints jusqu’à l’ancêtre commun de toutes les espèces vivantes. Le groupe souche comprend toutes les espèces ne faisant pas partie du groupe de la couronne. Par définition, chaque membre du groupe souche doit être éteint. S’ils n’étaient pas éteints, ils seraient définis comme faisant partie du groupe de la couronne.
Les animaux du groupe souche, comme ceux représentés par les nombreux fossiles anciens de tétrapodes, de mammifères et de reptiles qui ont été déterrés, nous donnent des informations importantes sur le cours de l’évolution et sur la façon dont les animaux ont essayé différentes stratégies pour s’adapter à leur environnement. Les groupes souches sont nécessairement paraphylétiques, ce qui signifie qu’ils peuvent être plus complexes que ne contenant qu’une certaine espèce et tous ses descendants. Un groupe souche peut contenir plusieurs ramifications précoces d’un groupe, dont une seule a évolué pour devenir le groupe de la couronne.
Les groupes souches sont assez fréquents en paléontologie. Un exemple serait les mammifères du groupe souche, ou synapsides – bien que les mammifères soient aussi techniquement des synapsides, puisqu’ils en descendent – qui étaient appelés « reptiles ressemblant à des mammifères » jusqu’à ce qu’on se rende compte qu’ils n’étaient pas du tout des reptiles, mais des mammifères du groupe souche . Les premiers synapsides étaient appelés lézards nus car ils auraient ressemblé à des lézards en apparence, mais sans écailles. Au fur et à mesure que les synapsides ont continué à évoluer, elles ont acquis une apparence plus mammifère. Parfois, les synapsides sont appelées mammifères basaux ou mammifères du groupe souche.
Les poissons ont plusieurs groupes souches, y compris les acanthodiens, ou requins épineux, et les placodermes, ou poissons blindés. Les acanthodiens, malgré leur nom, sont considérés comme étroitement liés aux ancêtres des poissons osseux, tandis que les placodermes, plus étroitement liés aux ancêtres des requins modernes, comprenaient le premier superprédateur vertébré, Dunkleosteus telleri, qui mesurait 8-11 m (26-36 ft ). Ces deux groupes vivaient à l’ère paléozoïque, il y a environ 300 à 400 millions d’années.