E-Commerce-Transaktionen können auf verschiedene Weise abgewickelt werden. Einige Optionen sind identisch mit denen, die von normalen Einzelhandelsgeschäften verwendet werden, und einige sind nur für Online-Käufe bestimmt. Wie der Online-Händler Transaktionen abwickelt, liegt ganz in ihrem Ermessen, obwohl die Kundenbedürfnisse und -präferenzen normalerweise eine große Rolle bei den angebotenen Transaktionsoptionen spielen. Zu den beliebten E-Commerce-Transaktionsoptionen gehören Kreditkarten, Debitkarten, elektronische Schecks, Geschenkkarten, Online-Zahlungsdienste und Zahlungsaufschubpläne. Einige Online-Unternehmen akzeptieren immer noch persönliche Schecks und Kassenschecks, aber diese Optionen schwinden, da sie den Einzelhändler Zeit und Geld in der Bearbeitung kosten, und sie haben eine höhere Wahrscheinlichkeit eines Fehlers als andere Zahlungsoptionen.
Das Fehlen einer tatsächlichen Person, die an E-Commerce-Transaktionen beteiligt ist, macht viele Menschen besorgt über diese Form des Handels. In den frühen Tagen des E-Commerce gab es viele Horrorgeschichten über gestohlene Kreditkartennummern, Identitätsdiebstahl und direkten Diebstahl durch skrupellose und oft völlig betrügerische Online-Händler. Da der Online-Verkauf so neu war, waren die Sicherheitsoptionen begrenzt und blindes Vertrauen war oft die einzige Option für Verbraucher, die bereit waren, auf einer Website zu kaufen.
Die heutige Online-Business-Community bietet E-Commerce-Transaktionen mit einer Vielzahl von integrierten Sicherheitsfunktionen. Bankkartennummern werden verschlüsselt, um Diebstahl zu verhindern, und persönliche Informationen werden durch ähnliche Techniken sicher gespeichert. Eine beträchtliche Anzahl von Unternehmen bietet Drittanbieter-Sicherheitslösungen für Einzelhandelswebsites an und garantiert Händlern und Verbrauchern die Erstattung, sollten ihre Systeme ausfallen.
Neben der Akzeptanz der gängigen Kredit- und Debitkarten bieten viele Internet-Commerce-Sites ihren Kunden weitere Transaktionsoptionen. Elektronische Schecks sind auf einigen E-Commerce-Websites beliebt, obwohl sie dem Händler zusätzliche Bearbeitungskosten zusätzlich zu den Gebühren kosten, die er für die Bearbeitung von Kredit- und Debitkartenverkäufen zahlen muss. Um per elektronischem Scheck zu bezahlen, wird vom Verkäufer unter Verwendung der vom Käufer bereitgestellten Bankinformationen ein physischer Scheck erstellt und der Scheck wird wie ein normaler Schalterscheck auf das Bankkonto des Verkäufers eingezahlt.
Zahlungsverzögerungen sind eine weitere Option, die von einigen Verbrauchern bevorzugt wird. Diese Option ermöglicht es dem Käufer, eine Dienstleistung oder ein Produkt zu erhalten, bevor er dafür bezahlt, indem er dem Verkäufer Bankkontoinformationen oder eine Kredit- oder Debitkartenkontonummer mitteilt, die zu einem späteren Zeitpunkt in Rechnung gestellt werden kann, wenn die Bedingungen mehrere Zahlungen vorsehen. Diese Methode beinhaltet normalerweise eine Servicegebühr, die zu Beginn der Transaktion an den Verkäufer zu zahlen ist.
Einige E-Commerce-Sites verkaufen Geschenkkarten oder Geschenkgutscheine oder bieten Verbrauchern Rabatt-Gutscheincodes an. Diese Online-Händler akzeptieren diese Zahlungsmethoden für E-Commerce-Transaktionen. Diese Zahlungsmethoden werden ähnlich wie Zahlungen mit Kredit- oder Debitkarten verarbeitet.