Die typische gemeinnützige Organisationsstruktur wird in drei Hauptkategorien unterteilt. Die Kategorien umfassen Governance, Verwaltung und Programme. Innerhalb dieser drei Hauptabteilungen gibt es auch zahlreiche Unterkategorien oder Unterabteilungen, die jeweils in diese fallen. Der Staat, in dem sich die gemeinnützige Organisation registriert, beeinflusst auch die Gesamtstruktur der Organisation.
Die Leitung einer gemeinnützigen Organisationsstruktur ist der Vorstand. Der Vorstand kann aus wenigen Personen bestehen, die im Vorstand sitzen, oder aus Dutzenden von Mitgliedern. Die Größe des Vorstandes hängt in erster Linie von der Größe und den Bedürfnissen der gemeinnützigen Organisation ab. Die Größe des Vorstandes hängt auch vom Bundesland ab, in dem die Organisation ihren Sitz hat. Die Hauptaufgabe des Vorstands besteht darin, die Richtlinien der Organisation zu erstellen und durchzusetzen.
Die zweite Hauptkategorie einer Non-Profit-Organisation ist die Verwaltung. Während der Vorstand kein bezahltes Personal ist, sondern nur Interessierte oder Ehrenamtliche, ist die Verwaltung bezahltes Personal. Die beiden primären Unterkategorien von Mitarbeitern oder der Verwaltung sind der Geschäftsführer oder Präsident und das Personal. Selbstverständlich kann das Personal aus verschiedenen Mitarbeitern bestehen.
Da die Prämisse einer Non-Profit-Organisation die Erfüllung eines bestimmten Zwecks ist, arbeitet der Programmbereich einer Non-Profit-Organisationsstruktur an der Erstellung und Umsetzung der Programme, die den Zweck erfüllen. Wenn die gemeinnützige Organisation beispielsweise ein Geschichtsmuseum ist, besteht ihr Zweck darin, die Geschichte ihres jeweiligen Gebiets aufzuzeichnen. Die Programme können gesellschaftliche Veranstaltungen, Workshops und sogar historische Touren durch die Gegend umfassen.
Zu den primären Programmbereichen gehören Planung, Fundraising, Öffentlichkeitsarbeit, Marketing, Betrieb, Freiwilligenkoordination, Entwicklung und Personal. Auch innerhalb dieser Unterkategorien von Programmen existieren wiederum zusätzliche Unterkategorien. Das Marketingprogramm kann aus einem Marketingleiter, einem Marketingleiter und einem PR-Manager bestehen. Der Fundraising-Bereich kann einen Datenbankkoordinator, einen Mitgliedsdirektor und einen Veranstaltungsplaner haben.
Die staatlichen Gesetze, in denen die Non-Profit-Organisation gegründet wurde und tätig ist, regeln auch die Organisationsstruktur der Non-Profit-Organisation. In Texas muss eine gemeinnützige Organisation beispielsweise mindestens drei Direktoren haben, die in ihrem Vorstand sitzen. Der Staat verlangt auch eine Person, die als Präsident der Organisation fungiert, während eine separate Person als Sekretär des Vorstands und der Organisation fungieren muss. Das Landesgesetz stellt weiter klar, dass Präsident und Sekretär nicht dieselbe Person sein dürfen, sondern zwei verschiedene Personen sein dürfen.