Es gibt eine breite Palette von Bojentypen, die den Bedürfnissen entsprechen, die von der einfachen Navigation bis zur Sammlung wissenschaftlicher Daten reichen. In allen Fällen ist es in der Regel gesetzeswidrig, eine Boje zu bewegen oder daran festzumachen, es sei denn, die Boje ist eine speziell für diesen Zweck konstruierte Ankerboje. Seeleute melden auch Bojen, die sich verirrt haben oder aus Höflichkeit für andere Bootsfahrer und zur Gewährleistung der Navigationssicherheit verloren gegangen sind.
Seezeichen sind Navigationsbojen. Unter diese Rubrik fallen eine Reihe von Bojentypen, darunter Can- und Nonnen-Bojen, die zur Markierung der rechten und linken Seite einer Fahrrinne verwendet werden. Can-Bojen sind grün und markieren die rechte Seite des Kanals, und sie werden mit ungeraden Zahlen gekennzeichnet. Nonnenbojen sind rot und markieren die linke Seite des Kanals, und sie sind mit geraden Zahlen gekennzeichnet. Zusätzlich zu diesen grundlegenden Navigationsbojen ist es auch möglich, sichere Wasserzeichen zu finden, die anzeigen, dass eine Passage frei ist, zusammen mit Spezialbojen, die gelb sind und normalerweise mit Warnhinweisen versehen sind. Andere Arten von Bojen werden auch in der Navigation verwendet: Bevorzugte Kanalmarkierungen sind oben entweder rot oder grün, um anzuzeigen, welche Seite des Kanals bevorzugt wird, und Entfernungsmarkierungen werden von Schiffen verwendet, um sich zu orientieren.
Es gibt auch eine Reihe von Bojentypen, die für wissenschaftliche Zwecke entwickelt wurden. Sonobojen zum Beispiel sammeln akustische Daten, wodurch sie auch im U-Boot-Abwehr eingesetzt werden können. Wetterbojen sammeln Daten über Temperaturen, Wind, Wellengang usw. für Vorhersagen, und Tsunami-Bojen achten speziell auf Bedingungen, die auf einen ankommenden Tsunami oder eine schwere Sturmflut hinweisen könnten.
Bojen werden auch verwendet, um Navigationsgefahren wie Untiefen und Felsen zu markieren. In diesem Fall können sie Lichter, Glocken oder Hörner haben, um sicherzustellen, dass Seeleute bei schlechtem Wetter auf sie aufmerksam sind. Spezielle Markierungsbojen können auch verwendet werden, um Gefahren wie versunkene Schiffe anzuzeigen. In Gebieten mit viel Meereis können Markierungen verwendet werden, um einen freien Kanal durch das Eis anzuzeigen; Diese Markierungen warnen auch Personen auf der Eisoberfläche vor Löchern im Eis, die für sie gefährlich sein könnten.
Taucher verwenden zur Sicherheit verschiedene Arten von Bojen. Wenn Taucher unter Wasser sind, fliegen sie eine Boje mit der klassischen Taucherflagge, einem roten Feld mit einem weißen Streifen, und eine solche Flagge kann auch von einem Boot mit Tauchern gehisst werden. Taucher können auch andere Bojenflaggen verwenden, um anzuzeigen, dass sie zur Dekompression angehalten werden können, um Schiffe darauf hinzuweisen, dass sich Menschen unter Wasser befinden und sie sich frei halten sollten.
Militärs verwenden auch verschiedene Arten von Bojen. Mit Bojen lassen sich zum Beispiel Minenfelder identifizieren, aber auch potenzielle Gefahren wie ein Gebiet, in dem eine Militärübung stattfindet. Bojen werden auch im U-Boot-Krieg verwendet, um U-Boote zu verfolgen und Daten zu übertragen und um Hoheitsgewässer abzugrenzen. Sie können auch spezielle Bojen sehen, die von Fischern verwendet werden, um Dinge wie Hummerfallen und Unterwassernetze zu identifizieren.