Es gibt einige Unterschiede zwischen einem zusammengesetzten und einem Seziermikroskop. Obwohl jedes dieser Werkzeuge verwendet wird, um ein auf dem Mikroskoptisch platziertes Objekt zu vergrößern, variiert die erreichbare Vergrößerung zwischen diesen beiden Geräten erheblich. Sie sind auch unterschiedlich aufgebaut, hauptsächlich im Hinblick auf die Objektive und die Okulare.
Einer der Hauptunterschiede zwischen einem zusammengesetzten und einem Seziermikroskop ist die Vergrößerung, die mit jedem dieser Werkzeuge erreicht werden kann. Zusammengesetzte Mikroskope sind normalerweise in der Lage, ein Objekt um das 400-fache zu vergrößern, obwohl es nicht ungewöhnlich ist, ein zusammengesetztes Mikroskop zu finden, das ein Objekt um das 1,000-fache vergrößern kann. Präpariermikroskope hingegen vergrößern ein Objekt normalerweise nur um das 40-fache oder weniger.
Auch die Gründe für diese Unterschiede in der Vergrößerung unterscheiden ein zusammengesetztes und ein Seziermikroskop voneinander. Zusammengesetzte Mikroskope werden im Allgemeinen verwendet, um sehr kleine, relativ dünne Dinge, wie z. B. Zellen, zu betrachten. Seziermikroskope werden verwendet, um größere Objekte mit größerer Tiefe zu betrachten, wie zum Beispiel Pollenkörner. Wie der Name schon sagt, werden Seziermikroskope auch häufig verwendet, um kleine Lebensformen wie Insekten zu sezieren.
Verbund- und Seziermikroskope verwenden ebenfalls unterschiedliche Objektive. Dissektionsmikroskope haben oft nur eine Objektivlinse, die eine Vergrößerung eines Objekts innerhalb eines festgelegten Vergrößerungsbereichs ermöglicht, wie z. B. das 10- bis 30- oder das 20- bis 40-fache. Es gibt drei Objektive in einem zusammengesetzten Mikroskop: eines, das es ermöglicht, das Objekt mit ungefähr der gleichen Vergrößerung wie das des Seziermikroskops zu sehen, eines, das mit maximaler Vergrößerung, oft 400-fach, vergrößert, und eines dazwischen. Die Objektive eines zusammengesetzten Mikroskops sind auch viel näher am Objekttisch als bei einem Seziermikroskop. Der zusätzliche Platz zwischen dem Objekttisch und dem Objektiv bei einem Seziermikroskop gibt dem Betrachter Raum, das Objekt während der Untersuchung zu manipulieren.
Ein weiterer Unterschied zwischen einem zusammengesetzten und einem Seziermikroskop besteht darin, dass ein Seziermikroskop immer mit zwei Okularen hergestellt wird, damit der Betrachter das Motiv mit beiden Augen betrachten kann. Dadurch kann das Motiv in drei Dimensionen betrachtet werden. Zusammengesetzte Mikroskope hingegen werden oft mit nur einem Okular hergestellt. Obwohl es zusammengesetzte Mikroskope mit zwei Okularen gibt, erlauben sie dem Betrachter nur einen dünnen Schnitt des Motivs zu sehen, auch wenn es dreidimensional ist, so dass ein einziges Okular normalerweise ausreicht.