Im Gegensatz zu eukaryontischen Zellen weist eine prokaryontische Zelle wie ein Bakterium im Allgemeinen keine individuellen Strukturen auf, die als Organellen bezeichnet werden. Es gibt typischerweise keinen Zellkern, keine Mitochondrien oder andere Bereiche, in denen separate Stoffwechselprozesse stattfinden; alles schwebt größtenteils innerhalb der Zellwand und Plasmamembran. Wie bei eukaryontischen Zellen gibt es normalerweise Stränge von Desoxyribonukleinsäure (DNA) sowie Ribonukleinsäure (RNA), die durch Transkription kopiert werden können. Die prokaryotische Transkription wird typischerweise durch ein Enzym namens prokaryotische RNA-Polymerase gesteuert, das die Transkription von DNA initiieren muss, während die Beendigung des Prozesses normalerweise durch andere Nukleotidsequenzen ausgelöst wird.
Wenn das RNA-Polymerase-Enzym die Länge eines DNA-Strangs durchquert, entwirrt es diesen an der Transkriptionsstelle und es können Boten-, Transfer- und ribosomale RNA hergestellt werden. Bei der prokaryotischen Transkription gibt es typischerweise zwei Typen des Enzyms; eines ist ein Kernenzym, das Kopien erstellen kann, aber nicht in der Lage ist, die geeignete Stelle in einem Gen zu finden. Eine Holoenzymform des Moleküls ist oft in der Lage, die Transkription an der spezifischen Region zu initiieren, und ist daher darauf ausgelegt, die Promotorsequenzen zu lokalisieren, die dem Molekül sagen, wann es mit dem Kopieren der DNA beginnen soll. Das Holoenzym führt diese Funktion über eine Komponente aus, die als Sigma bezeichnet wird.
Die prokaryontische Transkription beginnt, wenn sich die RNA-Polymerase an die DNA-Promotorstelle anlagert. Das Molekül und die doppelsträngige Struktur, die als geschlossener Komplex bezeichnet wird, können dann interagieren und die DNA wird in der Nähe des Transkriptionsstarts zu einer einzelsträngigen Sequenz geöffnet. Dies wird als offener Komplex bezeichnet. Das Enzym beginnt typischerweise den Transkriptionsprozess, indem es etwa 10 unbrauchbare Transkripte erzeugt, die durch ein Protein daran gehindert werden, den Komplex zu verlassen.
Sobald dieses Protein freigesetzt wird, fährt das Enzym mit der Transkription fort. Es gibt manchmal Unterschiede, wie stark die RNA-Polymerase und Proteine an DNA binden; die Stärke dieser Bindung kann mit der statistischen Wahrscheinlichkeit in Verbindung gebracht werden, dass sich eine bestimmte Basis an einem bestimmten Ort befindet. Wie stark die Basen dieser Konsensussequenz entsprechen, bestimmt oft, wie stark die Bindung sein wird.
Die prokaryontische Transkription von RNA erfolgt normalerweise mit etwa 40 Nukleotiden pro Sekunde. Einige Proteine können die Geschwindigkeit ändern, mit der dies geschieht, und die Geschwindigkeit des Kopierens bestimmter Sequenzen kann ebenfalls unterschiedlich sein. Regulatorgene ändern oft, wie Sequenzen exprimiert werden, je nachdem, was die Zelle braucht. Die prokaryotische Transkription kann entweder beendet werden, wenn Sequenzen in der RNA eine Trennung des Molekülkomplexes und der DNA bewirken, oder wenn ein spezifisches Protein an das RNA-Polymerase-Enzym bindet und dorthin wandert.