Die Wallace-Linie ist eine imaginäre Linie in Indonesien zwischen Borneo und der Insel im unmittelbaren Osten, Sulawesi. Die Linie hat ökologische Bedeutung, weil sie zwei zoogeologische Regionen trennt, die jeweils mit Asien und Australien verbunden sind. Westlich der Linie ist die Fauna eher asiatisch. Im Osten ähnelt es eher der australischen Fauna. Der Grund für die Linie ist ein tiefer ozeanischer Graben, der den Golf zwischen diesen beiden Inseln über Millionen von Jahren bewahrt hat. Ohne sie wären sie regelmäßig verbunden gewesen, da Eiszeiten den Meeresspiegel um bis zu 120 Meter (394 ft) absenkten und Borneo mit dem asiatischen Festland und Sulawesi mit Australien verbanden.
Die Region um die Wallace-Linie wird oft als eine der ökologisch vielfältigsten der Welt angesehen, neben dem Amazonas-Regenwald und dem Kongo-Regenwald. Diese an die Wallace-Linie angrenzende Region wird oft Wallacea genannt. Die Region beherbergt über 10,000 Pflanzenarten, von denen 15% endemisch sind, und 1142 terrestrische Wirbeltierarten, von denen etwa die Hälfte (529) endemisch sind. Zu diesen endemischen Wirbeltierarten gehören sieben Makakenarten, fünf Arten von Koboldmakis, zwei Arten von Anoa (eine seltene Untergattung von Büffeln) und die Babirusa (ein schweineähnliches Tier mit zwei Sätzen gebogener Hörner).
Das gesamte Gebiet innerhalb von 1,000 Meilen von der Wallace-Linie auf beiden Seiten ist ein riesiger Biodiversitäts-Hotspot. Auf Borneo im Westen gibt es Orang-Utans, unzählige Vögel und Affen, zahlreiche Fledermäuse und den einzigen lungenlosen Frosch der Welt. Auf Sumatra und Java westlich und südlich von Borneo gibt es Tiger, Nashörner, Tapire, Bären und einen Leoparden, der sonst nirgendwo zu finden ist. Inzwischen gibt es auf Neuguinea, der größten Insel östlich der Wallace-Linie, eine ganz andere Fauna, die außer Nagetieren und Fledermäusen von allen Säugetieren fehlt. Die großen Säugetiere sind alle Beuteltiere (wie die baumbewohnenden Baumkängurus). Aufgrund des Fehlens großer Raubtiere werden einige Inseln vom mannshohen Komodowaran bewohnt, der größten Echse der Erde, die hier ein Spitzenprädator ist.