Los cupcakes pueden ser postres pequeños, de una sola porción, pero muchos de ellos contienen cientos de calorías y casi un tercio de la cantidad total de grasa que una persona debe consumir en un día determinado. Aunque los pastelitos tradicionales a menudo son muy poco saludables, hay muchos tipos de pastelitos saludables que se pueden hacer. En su mayor parte, cualquier receta de magdalenas se puede modificar para hacer magdalenas saludables sustituyendo algunos ingredientes clave, especialmente azúcar, mantequilla y harina blanca refinada. Aunque estas sustituciones dan a los pastelitos un mejor valor nutricional y menos calorías vacías, estos postres aún deben disfrutarse con moderación.
Algunos cupcakes saludables eliminan parte o la totalidad de la mantequilla en una receta para eliminar muchas de las calorías. La compota de manzana es una sustitución común de la mantequilla porque le da a los pastelitos dulzura y humedad adicionales. El yogurt sin grasa o con bajo contenido de grasa también se puede usar en lugar de mantequilla para hacer que los cupcakes sean más suaves y tersos.
Otros tipos de pastelitos saludables pueden usar harina integral en lugar de harina blanca refinada. Este tipo de harina, que se usa comúnmente en productos horneados, ha perdido muchos de sus nutrientes, por lo que contiene una gran cantidad de calorías en relación con la cantidad de vitaminas, minerales y macronutrientes que contiene. Se puede usar harina de trigo integral en lugar de harina blanca, aunque también es posible usar harinas hechas de otros granos, como la quinua, el amaranto o el teff. El sabor de cada una de estas harinas tiene un efecto significativo en el sabor de los pastelitos, y el sabor de otros tipos de harina a menudo debe adquirirse antes de que las personas disfruten de este tipo de pastelitos saludables.
Agregar frutas y verduras frescas a la masa para magdalenas también puede hacer que estos postres sean más saludables. El calabacín, las zanahorias, la calabaza, las manzanas, las bayas y las remolachas se pueden mezclar en cupcakes para darles a estos postres más sabor y más nutrientes. La mayoría de estos ingredientes deben triturarse para que se cocinen en la harina de los pastelitos saludables y no formen bolsas masticables de verduras.
Muchos cupcakes están hechos con glaseado en la parte superior o relleno en el medio. En su mayor parte, estos ingredientes están hechos con una gran cantidad de azúcar y mantequilla, que aportan muchas calorías sin ninguna nutrición adicional. En los cupcakes saludables, el glaseado se puede hacer con queso crema o malvaviscos con bajo contenido de grasa en lugar de mantequilla y azúcar. La compota de fruta fresca se puede usar en lugar de rellenos que tradicionalmente son muy altos en grasa.