Obwohl Alabama 1819 ein Staat wurde, begann die Geschichte seiner Staatsflagge erst 1861, als die Entscheidung getroffen wurde, sich von der Union abzuspalten. Im Januar 1861 wurde auf der Secessionskonvention die erste Staatsflagge von Alabama von den Delegierten angenommen. Diese Flagge wurde nur ein paar Wochen verwendet; im März 1861 begann Alabama stattdessen, die erste von zwei Flaggen der Konföderierten als eigene zu verwenden. Im Jahr 1865, nach dem Ende des Bürgerkriegs, wurde die Flagge der Vereinigten Staaten zur offiziellen Flagge von Alabama. Schließlich, im Jahr 1891, entwarf Alabama eine einzigartige Flagge und nahm sie schließlich an, die seither über dem Staat weht.
Die Staatsflagge von Alabama aus dem Jahr 1861 wurde in Montgomery von einer kleinen Gruppe von Frauen entworfen. Auf einer Seite der Flagge war die Figur der Freiheitsgöttin mit einem Schwert in einer Hand und einer kleineren Flagge mit nur einem Stern in der anderen Hand abgebildet; die Worte „Independent Now and Forever“ erschienen über der Abbildung. Die andere Seite hatte eine aufgerollte Klapperschlange zusammen mit einer Baumwollpflanze mit den Worten „Touch Me Not“ unter dieser Darstellung. Diese Flagge wird manchmal als Flagge der Sezessionskonvention oder Flagge der Republik Alabama bezeichnet. Ungefähr einen Monat nachdem es als Staatsflagge von Alabama angenommen wurde, wurde es durch einen schweren Sturm beschädigt, und die Flagge wurde entfernt und nie wieder gehisst.
Kurz nachdem die erste Staatsflagge von Alabama entfernt wurde, entschied sich der Staat, die Flagge der Konföderierten National zu verwenden. Bei offiziellen Anlässen wurde die erste Nationalflagge oder die zweite Nationalflagge der Eidgenossenschaft gehisst. Als der Bürgerkrieg 1865 vorbei war, wurden diese Flaggen entfernt und Alabama kehrte zur Verwendung der Flagge der Vereinigten Staaten zurück.
Alabama verwendete die Flagge der Vereinigten Staaten bis 1891, als ein neues Design für eine Staatsflagge in Auftrag gegeben wurde. Schließlich wurde 1895 vom Gesetzgeber eine neue Flagge genehmigt, die bis heute die Staatsflagge von Alabama ist. Das genehmigte Design wurde der Flagge der Konföderierten Schlacht nachempfunden und wurde zur zweiten offiziellen Staatsflagge von Alabama.
Von allen 50 Staatsflaggen ist die von Alabama eine der einfachsten im Design. Laut Gesetz ist die Flagge von Alabama ein karmesinrotes St. Andrew’s Cross, das auf einem weißen Feld platziert ist. Die Farben der Flagge stehen für Mut und Reinheit, während das Kreuz einen Teil des Designs der Flagge der Konföderierten Schlacht widerspiegelt. Da die Gesetzgebung nicht vorschreibt, ob die Flagge rechteckig oder quadratisch sein muss, wird dies in beide Richtungen gesehen.