Die Verbindung zwischen Harn- und Fortpflanzungssystem liegt in der frühen fetalen Entwicklung dieser Systeme und der anatomischen Lage der Systeme. Die Harn- und Fortpflanzungssysteme des Menschen werden während der Entwicklung des Fötus aus derselben Embryonalschicht gebildet. Während des ersten Trimesters der Reifung des Fötus differenzieren sich diese beiden Systeme zu zwei separaten Körperfunktionen. Das Harnsystem entwickelt sich zu einem System von Körperfunktionen, um Abfallstoffe zu entfernen, und das Fortpflanzungssystem entwickelt sich zu einem System von Körperfunktionen mit dem einzigen Zweck, die Art zu erhalten.
Das Harn- und Fortpflanzungssystem entwickelt sich aus der Mesoderm-Zwischenschicht. Aus dieser Schicht entwickeln sich die Nieren, Gonaden, Wolff- und Müller-Gänge. Die Wolffschen Gänge verkümmern bei Frauen, entwickeln jedoch bei Männern die Samenbläschen, den Samenleiter, den Nebenhoden und den Ejakulationsgang. Die Müllerschen Gänge bilden bei Frauen die Gebärmutter, die Eileiter und die Vagina. Die Keimdrüsen werden bei Männern zu den Hoden und bei Frauen zu den Eierstöcken.
Später in der Entwicklung, nach dem Aufsteigen der Nieren, wird die Blase aus Teilen der Wolffschen Gänge und der entodermalen Kloake gebildet. Die Harnröhre wird bei Frauen vollständig und bei Männern teilweise aus der entodermalen Kloake gebildet. Der Rest der männlichen Harnröhre entwickelt sich aus den äußeren Genitalien.
Bei Männern überlappen sich das Harn- und das Fortpflanzungssystem leicht. Die Harnröhre bei Männern hat einen doppelten Zweck sowohl für die Ausscheidung von Urin als auch für die Ejakulation von Spermien. Urin wird in den Nieren als Abfallstoff gebildet und wandert die Harnleiter hinunter in die Blase, wo er gespeichert wird, bis er aus dem Körper ausgeschieden wird. Beim Wasserlassen fließt der Urin aus der Blase durch die Harnröhre und verlässt den Körper aus dem Penis.
Die Keimdrüsen der Männchen werden als Hoden bezeichnet. Spermien entwickeln sich in den Hoden und werden in den Windungen des Nebenhodens gespeichert. Vor der Ejakulation wandern die Spermien von der Speicherung im Nebenhoden durch den Samenleiter, der direkt hinter der Blase liegt und mit der Harnröhre verbunden ist. Die Spermien werden dann über die Harnröhre durch das Ende des Penis aus dem Körper ejakuliert.
Bei Frauen sind das Harn- und das Fortpflanzungssystem getrennt, obwohl sich sowohl die Harnröhre als auch die Vaginalöffnung innerhalb der kleinen Schamlippen der Vagina befinden. Wie beim Mann wird Urin in den Nieren produziert und gelangt über die Harnleiter in die Blase. Der Urin wird von der Frau durch die Harnröhre abgegeben, die sich vor der Vaginalöffnung in den kleinen Schamlippen befindet.
Eier werden in den weiblichen Keimdrüsen oder Eierstöcken produziert. Normalerweise wandert ein einzelnes Ei von den Eierstöcken in die Eileiter und schließlich in die Gebärmutter. Wenn keine Befruchtung der Eizelle stattfindet, kommt es zur Menstruation, wodurch die Gebärmutterschleimhaut und die unbefruchtete Eizelle durch den Gebärmutterhals in die Vagina und durch die Vaginalöffnung aus dem Körper austreten können.