Eine Barockorgel ist eine Pfeifenorgel, die in einem bestimmten Stil und nach bestimmten Spezifikationen während der Barockzeit gebaut wurde. Dieser Zeitraum dauerte von etwa 1685 bis 1750. In dieser Zeit gab es viele Innovationen in Kunst, Musik und Architektur, und das Design der Pfeifenorgel änderte sich dramatisch, wodurch Größe, Kraft und musikalische Bandbreite erhöht wurden. Bekannte Barockkomponisten wie Johann Sebastian Bach in Deutschland arbeiteten mit Orgelbaumeistern zusammen, um einige der besten Orgeln aller Zeiten herzustellen.
Barockmusik war reich verziert und reich strukturiert. Am häufigsten mit religiöser Musik in Verbindung gebracht, war die Barockorgel viel mächtiger als ihre Vorgänger aus der Renaissance. Es wurde oft als Soloinstrument oder als Teil eines „Concerto grosso“ verwendet, zwei oder mehr Soloinstrumente, die von einem Orchester begleitet wurden. Bachs Matthäus-Passion, die zwei Orgeln in der Komposition verwendet, wurde 1727 geschrieben und gilt als eines der Meisterwerke der westlichen Kirchenmusik.
Im Laufe der Barockzeit entwickelte sich die Orgel zu einer „Pleno“ oder Vollorgel. Eine italienische Orgel in Originalgröße kann zum Beispiel bis zu 600 Pfeifen haben und über 2000 Teile enthalten. Einige der größten Orgeln, die in dieser Zeit gebaut wurden, haben Tausende von Pfeifen und bis zu sieben Manuale oder Keyboards, die mit den Orgelpfeifen verbunden sind. In der äußeren Gestaltung ähneln die Orgeln eher den barocken Kathedralen, in denen sie oft verwendet wurden. Eine Pfeifenorgel dieser Zeit sollte sowohl ein Kunstwerk als auch ein Instrument sein.
Neben der Vergrößerung erfuhr die Barockorgel viele technische Neuerungen. Kooperationen wie die zwischen Bach und Orgelbaumeister Gottfried Silbermann trugen zu einigen Veränderungen bei. Silbermann baute Orgeln für den Einsatz in ganz Europa.
Eine wesentliche Änderung war eine Erhöhung der Anzahl und Gestaltung der Orgelregister und der Anordnung von Manualen und Pfeifen. Orgel-„Stopps“ lassen die Druckluft in die Pfeifen ein und können vom Organisten ein- oder ausgeschaltet werden. Es wurden Register entworfen, die die Klänge anderer Instrumente imitieren konnten. Sie wurden auch in ihrer Anzahl erhöht, was eine große Vielfalt an Klängen ermöglichte.
Separate Tastaturen für die Füße, bestehend aus Pedalen, wurden erweitert, um eine bessere Klangregulierung zu ermöglichen. Rohre wurden in Racks organisiert. Jedes Rack entsprach einer anderen Tonhöhe, Holz und Lautstärke.
Viele der Innovationen des barocken Orgelbaus sind noch heute in Gebrauch. Orgeln aus dieser Zeit gelten als Kunstwerke und viele sind in Museen ausgestellt. Einige der Designs wurden für den modernen Gebrauch neu erstellt.