Die Primärinfektion hat zwei Bedeutungen und kann sich entweder auf die ersten Anzeichen einer Infektion einer Person/ein Lebewesen beziehen oder auf eine Hierarchie von Infektionen, die mit einer einzelnen Krankheit beginnen. In der zweiten Definition könnte eine Person mit einem Virus wie einer Erkältung eine bakterielle Infektion in der Brust wie Bronchitis bekommen. Diese könnten als primäre und sekundäre Infektionen bezeichnet werden, die beide von der ursprünglichen Erkältung herrühren. Andererseits kann eine Primärinfektion, die aus dem ersten Kontakt mit einer viralen oder bakteriellen Quelle resultiert, die ersten Anzeichen dieser Infektion bedeuten. Diese werden oft als spezifische Symptome identifiziert.
Die ersten Symptome einer Krankheit oder einer Primärinfektion werden oft bei Krankheiten festgestellt, die im Körper weiterleben und chronisch werden. Genitalherpes ist eine dieser Krankheiten. Wunden, die sich an den Genitalien oder umliegenden Bereichen entwickeln, markieren normalerweise die erste Infektion nach der Exposition und können mehrere Wochen andauern. Andere Symptome wie Kopfschmerzen, Schmerzen, grippeähnliches Gefühl, Fieber oder geschwollene Drüsen können ebenfalls vorhanden sein und können bei nachfolgenden Krankheitsausprägungen nicht so häufig auftreten.
Wenn Menschen wieder Herpesbläschen bekommen, wird der Zustand als rezidivierend bezeichnet, anstatt als Primärinfektion bezeichnet zu werden. Die erste Reaktion auf eine virale Ansteckung ist die primäre, und alle anderen Ausprägungen der Krankheit sind rezidivierend und zeigen ihre chronische Natur. Andere Krankheiten, die eine Primärinfektion haben, umfassen Erkrankungen wie HIV/AIDs, andere Herpesviren wie Windpocken und einige Formen von Hepatitis. Bei all diesen ist zu beachten, dass sich die Symptome, die sich aus der anfänglichen Exposition ergeben, ein wenig anders sein können als die Art und Weise, wie sich die Krankheit später ausdrückt; sie sind die erste Immunantwort auf die Exposition gegenüber einem Infektionserreger.
Es gibt viele Fälle, in denen primär und sekundär verwendet werden, um eine Krankheit zu beschreiben, die mehrere Infektionen verursacht. Diese Infektionen sind oft viraler/bakterieller Natur. Viele Menschen bekommen Viren, die das Immunsystem schwächen und wahrscheinlich zu sekundären bakteriellen Infektionen führen. Die Primärinfektion ist somit das ursprüngliche Virus, aber seine Fähigkeit, Menschen für bakterielle Infektionen zu prädisponieren, kann dazu führen, dass Ärzte in Alarmbereitschaft sind.
Bei einem Virus wie Herpes genitalis kann eine schlechte Pflege der Wunden gelegentlich zu einer Hautinfektion oder Zellulitis führen. Während ein Arzt eine Herpesinfektion nicht mit Antibiotika behandeln würde, weil sie viralen Ursprungs ist, könnte er Antibiotika verwenden, wenn sich Herpesbläschen infizieren, um die Sekundärinfektion abzutöten. Die Antibiotika hätten keine Wirkung auf die Primärinfektion, könnten aber eine Sekundärinfektion behandeln.
Viele Grippeviren sind anfällig für Sekundärinfektionen wie Bronchitis, Lungenentzündung oder Infektionen der Nebenhöhlen und Ohren. Auch hier könnten Antibiotika verwendet werden, um diese zu behandeln. Dennoch würden sie die Grippe, die viral ist, nicht loswerden. Menschen, die anfälliger für Sekundärinfektionen dieser Art sind, können ein geschwächtes Immunsystem haben, und bei medizinisch gefährdeten Personen ist es bei bestimmten Krankheiten sehr wichtig, auf Sekundärinfektionen zu achten