Ein Bootskapitän ist der Boss des Schiffes. Er beaufsichtigt die Crew und den gesamten Betrieb des Bootes. Kapitäne benötigen möglicherweise eine Lizenz, je nachdem, für welchen Bootstyp sie verantwortlich sind, z. B. für ein Kreuzfahrtschiff oder ein Fischereifahrzeug. Bootskapitäne können je nach Land als „Senior“ oder „Master“ eingestuft werden und verfügen über die entsprechende Ausweislizenz. Ein Bootskapitän übernimmt praktische Aufgaben wie das Steuern des Schiffes, setzt aber auch regelmäßig Problemlösungs- und Planungsfähigkeiten ein.
Das Verständnis der Wetterbedingungen, Wasserkanäle und der Gesetze der Meere an internationalen Standorten ist die Verantwortung eines Bootskapitäns. Der Kapitän muss über jeden Aspekt der Führung eines Bootes Bescheid wissen, auch wenn er Aufgaben an Besatzungsmitglieder delegiert. Der Kapitän des Bootes delegiert hauptsächlich an einen ersten Offizier, der ihm untersteht, und kann keine Details übersehen. Er muss sicher sein, dass das Boot gewartet wird und auf Kurs fährt.
Die Planung und Ausführung von Sicherheitsstrategien gegen mögliche Bedrohungen, etwa durch Piraten oder Terroristen, liegt in der Verantwortung des Kapitäns. Er muss auch Sicherheitsvorkehrungen gegen blinde Passagiere oder unbefugte Passagiere an Bord treffen. Die regelmäßige Inspektion des Schiffes ist etwas, was ein Bootskapitän tut. Kapitäne müssen sicherstellen, dass die Schiffsaktivitäten in allen Aspekten gesetzeskonform bleiben; dazu gehört auch das Verhalten von Passagieren und Besatzungsmitgliedern. Bootskapitäne haben Autorität über die Besatzung und die Passagiere.
Der Kapitän ist auch für den Zustand der Ladung verantwortlich. Die Ladung eines Bootes kann ein nicht verderbliches Produkt wie Textilien oder verderbliche Lebensmittel wie frische Meeresfrüchte sein. Ein Bootskapitän ist für den Verkauf der Ladung und die Führung von Aufzeichnungen wie Zoll- oder Einreisepapieren verantwortlich.
Auf die Sicherheit der Besatzung muss sich der Kapitän jederzeit konzentrieren. Er muss sicherstellen, dass an Bord behördliche und andere Sicherheitsstandards eingehalten werden. Bootskapitäne arbeiten mit anderem Schiffspersonal wie einem Hafenlotsen zusammen, um das Schiff auf Kurs zu halten und sicherzustellen, dass alle Signale, Anzeigen und Wassertiefenmessgeräte in Ordnung sind. Das Schiff muss über geeignete Rettungswesten, Rettungsboote und andere Rettungsmittel verfügen. Regelmäßige Sicherheitsübungen müssen von Bootskapitänen beaufsichtigt werden.
Im Falle eines Unfalls oder einer Kollision auf See muss ein Bootskapitän die endgültige Entscheidung treffen, was zu tun ist. Wenn beispielsweise ein Besatzungsmitglied schwer verletzt wird, kann der Kapitän beschließen, die Luftevakuierung der Person zu veranlassen. Wenn eine bestimmte Wahl nicht möglich ist, ist es die Pflicht des Kapitäns, in jeder Situation die beste Option zu finden.