Ein Fluglotse der Marine ist verantwortlich für die Leitung und Kontrolle des Flugverkehrs in der Nähe eines Flugzeugträgers oder Marinestützpunkts. Normalerweise stellt ein Fluglotse der Marine nur Funkkontakt mit Militärpiloten her, obwohl Fluglotsen versuchen können, Kontakt mit zivilen Piloten aufzunehmen, die in den Marineluftraum geraten. Wie zivile Controller muss ein militärischer Controller einen Hochschulabschluss und eine umfassende Ausbildung am Arbeitsplatz absolvieren.
Seestreitkräfte in vielen Ländern setzen Flugzeugträger ein, um Militärjets und andere Flugzeuge zu verschiedenen Orten auf der ganzen Welt zu befördern. Piloten bedienen diese Fahrzeuge und diese Personen sind dafür verantwortlich, feindliche Jäger abzufangen und Aufklärungsmissionen durchzuführen. Da Marinepiloten häufig Missionen in abgelegenen Meeresgebieten durchführen, werden Fluglotsen an Bord benötigt, um den Flugverkehr zu lenken und sicherzustellen, dass es zu keinen Kollisionen in der Luft kommt. Darüber hinaus sind viele Marineoperationen streng geheim. In diesem Fall setzt das Militär eher Marinefluglotsen als zivile Lotsen ein, selbst wenn Marinepiloten im kommerziellen Luftraum operieren.
Flugzeugträger sind ständig in Bewegung, was bedeutet, dass die Piloten auf Fluglotsen angewiesen sind, die sie nach Abschluss der Missionen zu diesen Schiffen führen. Im Vergleich zu Flugplätzen haben Marinefregatten relativ wenig Spielraum, so dass die Lotsen für freie Decks sorgen müssen, bevor den Piloten die Landeerlaubnis erteilt werden kann. Wie bei zivilen Lotsen muss auch ein Fluglotse der Marine die Wetterbedingungen berücksichtigen, bevor er den Piloten die Freigabe zum Starten oder Landen von Marineflugzeugen erteilt.
In Konfliktsituationen überwacht ein Fluglotse der Marine den Luftraum um ein Schiff oder einen Marinestützpunkt, um feindliche Jäger zu verfolgen, die eine Bedrohung für die Seestreitkräfte darstellen könnten. Der Lotse muss Marinepiloten auf solche Bedrohungen aufmerksam machen. Typischerweise wird jedem Flugzeugträger ein Controller zugewiesen; Lotsen auf Schiffen, die in denselben Gewässern verkehren, müssen miteinander zusammenarbeiten, um sicherzustellen, dass die Flugzeuge ihrer Schiffe nicht kollidieren. Unter bestimmten Umständen können Fluglotsen der Marine auch Kontakt mit Piloten der Luftwaffe aufnehmen, wenn andere Militäreinheiten Marinefregatten Luftschutz bieten.
Grundsätzlich muss ein Fluglotse der Marine ein vierjähriges Studium der Luft- und Raumfahrttechnik oder eines vergleichbaren Studiengangs absolvieren. Wie auch andere Angehörige der Streitkräfte müssen Lotsen eine Grundausbildung erfolgreich absolvieren und in vielen Fällen müssen diese Personen mehrere Monate oder Jahre an Marineausbildungsakademien verbringen, bevor sie sich für eine Lotsenstelle bewerben. Normalerweise können sich nur Offiziere auf Controller-Positionen bewerben.