Die Atkins-Diät hat im Laufe der Jahre sowohl starke Unterstützung als auch starken Widerstand erhalten. Einige der Widerstände resultieren aus unangenehmen Nebenwirkungen von Menschen, die die Diät ausprobiert haben. Einige der häufigeren Nebenwirkungen der Atkins-Diät sind Kopfschmerzen, Müdigkeit und Wadenkrämpfe. Befürworter der Diät behaupten, dass diese negativen Nebenwirkungen der Diät im Allgemeinen nicht sehr lange anhalten und manchmal durch positive Nebenwirkungen der Atkins-Diät wie erhöhte Energie aufgewogen werden.
Entwickler der Atkins-Diät geben zu, dass manche Menschen normalerweise während der Induktionsphase der Diät, der berühmten restriktiven Anfangsphase, Kopfschmerzen, Muskelkater und Müdigkeit verspüren. Sie führen diese vorübergehenden Nebenwirkungen der Atkins-Diät auf ein Phänomen zurück, das als „Kohlenhydratentzug“ bekannt ist. Verstopfung ist ebenfalls ein häufiges Problem, wahrscheinlich aufgrund des Mangels an faserigem Gemüse. Sie empfehlen die Verwendung von Faserersatzstoffen während der Induktionsphase, wenn die Verstopfung störend wird.
Zu den kurzfristigen Nebenwirkungen der Atkins-Diät, die am häufigsten von den Diätenden selbst beklagt werden, gehören alle offiziell von Atkins anerkannten Nebenwirkungen, einschließlich Mundgeruch, Mangel an körperlicher und geistiger Energie und Ausdauer sowie Muskelverlust. Wadenkrämpfe und Schwindel sind ebenfalls ziemlich häufige Probleme, die so besorgniserregend sein können, dass einige Diätetiker die Diät abbrechen. Der Mundgeruch wird oft auf die Ausscheidung von Ketonen zurückgeführt, die einen unangenehmen Geruch haben, und die reduzierte körperliche und geistige Energie wird damit erklärt, dass der Körper und insbesondere das Gehirn es vorziehen, Kohlenhydrate zu verbrennen, um möglichst effizient zu arbeiten. Trotz der Tatsache, dass Atkins behauptet, dass die meisten dieser Nebenwirkungen nach der anfänglichen Induktionsphase nachlassen, stellen viele Diätetiker fest, dass einige unangenehme Nebenwirkungen während des gesamten Verlaufs der Diät bestehen bleiben, oder sie sind nicht in der Lage, die Nebenwirkungen lange genug zu ertragen, um zu testen, ob die Probleme werden irgendwann verschwinden.
Einige Diätetiker bleiben jedoch langfristig auf der Diät und haben mehr positive Nebenwirkungen als negative. Zu den regelmäßig zitierten positiven Effekten zählen eher eine erhöhte als eine verringerte Energie und ein niedrigerer Blutdruck. Bei manchen Menschen können aufgrund der eingeschränkten Vitamin- und Mineralstoffzufuhr in Atkins-freundlichen Lebensmitteln langfristige negative Nebenwirkungen auftreten. Darüber hinaus äußern viele Kritiker der Diät Bedenken darüber, wie viel tierisches Fett und Protein bei dieser Diät aus tierischen Quellen und nicht aus pflanzlichen Quellen, die als herzgesunder gelten, zu sich genommen wird. Wissenschaftliche Beweise zu den langfristigen gesundheitlichen Vorteilen oder Risiken der Atkins-Diät sind etwas widersprüchlich und können alles von einer verbesserten Gesundheit und Lebensqualität bis hin zu einem viel höheren Risiko für Herzerkrankungen umfassen.