Ziel des Habitatmanagements ist es, die bestmögliche Kombination zwischen menschlichem Lebensraum und Natur zu erreichen. Wildtierschutzmaßnahmen dienen der Erhaltung des Gleichgewichts, indem gefährdete Pflanzen und Tiere vor menschlichen Eingriffen geschützt werden. Umgekehrt nutzen viele Waldbewirtschaftungsprogramme menschliche Eingriffe, um Wachstumsprozesse zu beschleunigen, die auf natürliche Weise Jahrzehnte oder sogar Jahrhunderte dauern würden. Gelegentlich ist es die Menschheit, die durch Tier- oder Pflanzenaktivitäten bedroht wird, und in diesen Fällen sind es Wildtiermanagement-Organisationen, die das Gleichgewicht wiederherstellen.
Häufig werden Habitatmanagementmethoden eingesetzt, um die Territorien gefährdeter Arten zu schützen. Zum Beispiel beheimatet das südafrikanische Fynbos-Buschland aufgrund seiner Neigung zu Waldbränden eine Vielzahl von Arten, die sich speziell an diese harten Bedingungen angepasst haben. Eine Reihe dieser Arten gibt es nirgendwo sonst auf der Erde. Um das Überleben dieser Pflanzen und Tiere zu sichern, wird mit größter Sorgfalt darauf geachtet, menschliche Interaktionen mit diesem Gebiet zu vermeiden.
Bei gezielteren Initiativen zum Schutz von Wildtieren kann menschliches Handeln erforderlich sein, um ein Tier zu retten. In diesen Fällen können Mitglieder der vom Aussterben bedrohten Arten gefangen und zu Schutz- und Fortpflanzungszwecken in künstliche Umgebungen gebracht werden. Das beabsichtigte Ergebnis dieser Art von Programmen ist normalerweise die Wiederherstellung lebensfähiger Zuchtpools. In vielen Fällen ist das ultimative Ziel die Wiederansiedlung einer Art in ihren natürlichen Lebensraum.
Das Habitatmanagement einer großen Baumwachstumsfläche wird oft als Waldmanagement bezeichnet. Obwohl der Schwerpunkt dieser Art des Schutzes eindeutig auf den Bäumen liegt, werden die Bemühungen regelmäßig um die Pflanzen- und Tierlebensräume erweitert, die diese Gebiete bieten. In Nordamerika untersucht die Forstwirtschaft hauptsächlich Laubholzbestände, aber die Prinzipien können auch auf Regenwälder und Dschungel ausgedehnt werden.
Das ökologische Standardziel für die Bewirtschaftung von Waldhabitaten ist ein Wachstumsmuster, das als Hochwald bezeichnet wird. Alle Stadien des Baumwachstums, vom Setzling bis zum Totholz, sind in diesem Ökosystem vertreten. Darüber hinaus ist die Tier- und Pflanzenwelt reichhaltig und abwechslungsreich. Wenn ungestört, würden hohe Waldbiome natürlich vorkommen. Durch sorgfältige Forstwirtschaftspraktiken wie selektiver Holzeinschlag kann diese Art von Biom erhalten und verbessert werden.
In seltenen Fällen besteht das Ziel des Habitatmanagements darin, Tiere davon abzuhalten, menschliche Populationen und Eigentum zu gefährden. In einigen Gebieten hat beispielsweise eine Kombination aus unkontrollierter Zucht, eingeschränkter Jagd und Zugang zu menschlichen Nahrungsquellen zu einer Überbevölkerung von Weißwedelhirschen geführt. Infolgedessen sind die Meldungen über Sach- und Personenschäden aufgrund von Wild-gegen-Fahrzeug-Unfällen dramatisch gestiegen. Die Fälle von erheblichen Ernteschäden durch das Füttern von Hirschen haben ebenfalls zugenommen. Zu den Reaktionen der lokalen Wildtiermanagement-Büros gehören Tierumsiedlungsprogramme und längere Jagdzeiten.