Die Pflege eines Zypressenbonsai kann von der gewählten Baumart abhängen, da mehr als 100 verschiedene Zypressensorten für die Ausbildung als Bonsai zur Verfügung stehen. Beliebte Versionen von Zypressenbonsai sind der Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, der japanische Hinoki – Chamaecyparis stumpf und der japanische Sawara – Chamaecyparis pisifera. Eine weitere verbreitete Art von Zypressenbonsai, die für Anfänger empfohlen wird, obwohl sie keine echte Zypressenart ist, ist die Kahl- oder Sumpfzypresse – Taxodium distichum. Die Pflege von Zypressen kann daher variieren, da einige trockene Klimabedingungen wie die japanische Hinoki bevorzugen, und andere in Sumpfgebieten beheimatet sind und eine durchweg feuchte Umgebung wie die Sumpfzypresse bevorzugen. In der Regel sind Zypressen jedoch als Bonsai einfach zu züchten, daher sind sie seit 2011 sehr beliebt und bevorzugen Bäume, die volles Sonnenlicht und regelmäßige Düngung bevorzugen.
Die meisten Arten von Zypressen sind relativ winterhart, daher sind sie gute Bonsai-Exemplare, da die Anpassung eines Baumes an den Bonsai-Lebensstil ein stressiger Prozess für den Baum sein kann. In Bezug auf die Bewässerungshäufigkeit ist die Hinoki-Zypresse die Art, die die trockensten Bedingungen benötigt. Der Boden für den Hinoki sollte die meiste Zeit feucht sein, aber es ist eine trockenheitstolerante Art, die kältere und trockenere Bedingungen überleben kann als andere Zypressenbonsai. Entlang dieses Spektrums benötigt die Sawara-Zypresse mehr Wasser, da sie in feuchten Gebieten beheimatet ist, und die Sumpfzypresse benötigt einen fast konstanten nassen Boden, da sie in Sümpfen beheimatet ist. Sawara und Sumpfzypressen können auch bei Kälte sterben und müssen in Gewächshäusern überwintert werden.
Bonsai im Allgemeinen können aufgrund der beengten Anbaubedingungen häufiger von Schädlingen und Krankheiten befallen werden als ihre Gegenstücke in freier Wildbahn. Während der Hinoki-Baum ziemlich resistent gegen Schädlinge und Krankheiten ist, werden die Sawara und die kahlen Zypressen oft von Wurzelblattläusen befallen und haben empfindliche Äste, die mit den Fingern beschnitten werden sollten, anstatt sie zu schneiden, um unnötige Schäden an den Bäumen zu vermeiden. Die Lawson-Zypresse, die eine der beliebtesten Sorten von angebauten Zypressenbonsai ist, benötigt ebenfalls konstant feuchten Boden wie die Sawara, aber keine wassergefüllten Bedingungen, die die Sumpfzypresse bevorzugt. Eine der Wachstumsbedingungen, die allen beliebten Zypressenbonsai gemeinsam ist, ist, dass sie alle volles Sonnenlicht bevorzugen, was oft bedeutet, dass die Bonsaibehälter selbst am besten im Freien gepflegt werden.
Die Sumpfzypresse hat ihren Namen von der Tatsache, dass sie ein einzigartig sommergrüner Nadelbaum ist, der im Winter seine nadelähnlichen Blätter verliert. Das Laub wird zuerst orange und dann braun, was bei anderen Zypressenbonsai darauf hindeutet, dass der Baum stirbt. Bei der Sumpfzypresse ist dies ein natürliches Herbstereignis. Die Bestimmung des richtigen Wasserstands für die Sumpfzypresse kann auch erfolgen, indem auf herabhängende Effekte auf neues Laub geachtet wird, was darauf hindeutet, dass sie mehr Wasser benötigt.
Es wird auch empfohlen, das Pflanzen von Zypressenbonsai für alle Arten alle zwei bis drei Jahre zu wiederholen, obwohl einige schneller wachsen als andere. Die Hinoki wächst tendenziell am langsamsten, daher kann sie seltener umgetopft werden als Sorten wie die Sawara. Die Sumpfzypresse wächst am schnellsten und kann jedes Jahr sicher umgetopft werden. Da die Rinde von Zypressenbonsai empfindlich sein kann, muss man auch darauf achten, dass die Bäume zu bestimmten Formen wachsen. Wenn der Draht eng wird, sollte er entfernt und durch lockerere Wicklungen oder gar keine ersetzt werden.