La promoción del etanol por parte de muchos gobiernos, sobre todo de Estados Unidos, ha provocado una gran controversia. En los Estados Unidos, donde se gastan miles de millones de dólares del dinero de los contribuyentes en subsidios al etanol, la controversia se ha vuelto particularmente enconada y hay varias razones detrás de ella. Muchos se reducen a una disputa fundamental sobre si el etanol, particularmente el etanol de maíz, es realmente tan milagroso como la gente dice que es.
Algunos economistas argumentan que cuando un producto tiene un mérito inherente, la gente lo pagará, lo que hace innecesarios los subsidios. Subsidiar la producción de etanol cuesta dinero a los contribuyentes, aunque indirectamente, y mantiene los precios artificialmente bajos, en lugar de permitir que se establezcan de acuerdo con el valor justo de mercado. Los economistas que quieren ver una promoción más general de la energía sostenible también argumentan que los subsidios al etanol quitan el financiamiento de otras fuentes de energía sostenible, incluidas las fuentes que son más limpias, más eficientes y más fáciles de obtener que el etanol.
Los subsidios al etanol también pueden desempeñar un papel en la escalada de los precios de los alimentos y en el debate actual entre alimentos y combustibles. El argumento es que a los agricultores les cuesta más producir cultivos para la alimentación, ya que estos cultivos están menos subsidiados y traspasan los precios a los consumidores. El suministro de alimentos también se reduce con los subsidios al etanol, bajo este argumento, porque los agricultores tienen un incentivo para cultivar etanol, por lo que desvían los campos que alguna vez fueron utilizados para cultivos alimentarios para cultivar maíz. La reducción de la oferta puede provocar un aumento de los precios, e incluso escasez en algunos casos.
El etanol en sí mismo es un combustible con méritos cuestionables. Requiere un manejo especial, incluida la gasolina de fórmula única para mezclas de combustible, y procedimientos de tránsito especiales que pueden encarecerla. Tampoco se quema terriblemente limpiamente y es menos eficiente energéticamente que la gasolina, lo que significa que un automóvil que funciona con etanol o una mezcla de etanol / gasolina tendrá un menor kilometraje. Además, la generación de etanol en sí no es muy eficiente desde el punto de vista energético y, en algunos casos, la fabricación y el transporte del combustible pueden costar más energía de la que produce.
Los críticos de los subsidios al etanol argumentan que los fondos gubernamentales deberían concentrarse en promover fuentes de energía innovadoras y verdaderamente renovables, en lugar de gastarlos en un combustible de valor cuestionable. Mantener los subsidios al etanol se considera un desperdicio bajo este argumento. La elección de dónde destinar los fondos parecería ser más beneficiosa a largo plazo, incluso si las nuevas tecnologías no tienen un éxito inmediato.